2025년 18주차 회계/세무 주요 문답자료
# 본 내용은 참고 용도로만 활용하시기 바라며, 정확한 정보는 관련 기관에서 확인하시기 바랍니다.
| 인사말
안녕하세요? 재무통 taxis 입니다.
오늘은 회계/세무 업무에 관한 주요 문답자료에 대해서 알아보고자 합니다.
단독명의 주택과 공동명의 주택을 혼합하여 소유하는 경우 간주임대료 계산방법
【질문】
3주택 이상을 임대하고 있어서 주택임대소득 신고를 하려고 합니다. 주택별 보유현황이 아래와 같이 모두 다른 경우, 간주임대료 계산시 보증금에서 3억원을 차감하는 방법에 대해 문의드립니다.
- A주택(등록, 100% 지분) : 보증금 2억5천만원
- B주택(미등록, 100% 지분) : 보증금 3억원
- C주택(미등록, 50% 지분) : 보증금 2억7천만원
B주택과 C주택은 지분율이 다르기 때문에 각각 보증금에서 3억원을 차감하고 간주임대료를 계산하는 것으로 알고 있습니다. 그런데 100% 지분을 보유한 A주택은 B주택에서 이미 3억원을 차감했기 때문에 2억5천만원에 대해서 간주임대료를 계산해야 하나요? 아니면 등록임대주택이기 때문에 B주택과는 별개로 3억원을 차감하는 것인지 궁금합니다.
【답변】
단독명의 주택과 공동명의 주택을 혼합하여 소유하는 경우 간주임대료 계산대상 해당여부는 각 거주자별로 판단하되, 단독명의 주택과 공동명의 주택을 구분하여 각각 간주임대료를 계산하는 것입니다.
즉, 귀 질의에서 A, B 주택(단독소유)의 간주임대료 계산시 A주택과 B주택의 임대기간이 동일한 경우 보증금 적수가 큰 B주택부터 3억을 차감한 후 A주택의 보증금에 대하여 간주임대료를 계산하고, C주택(공동소유)의 경우 C주택의 보증금에서 3억을 차감하여 간주임대료를 계산하는 것으로 사료됩니다
관련규정: 소득세법 제25조 【총수입금액 계산의 특례】
연말정산 대상 근로소득자에게 기타소득이 발생한 경우 종합소득세 신고방법
【질문】
연말정산을 완료한 근로소득자이며, 작년에 기타소득이 발생내역이 있어 종합소득세 신고를 하려고 합니다. 종합소득금액 입력 중 기타소득과 금융소득을 입력했는데, 이미 연말정산 완료한 근로소득까지 입력해야 하는지 궁금합니다.
【답변】
연간 300만원 이하의 원천징수된 기타소득의 경우 분리과세(종합소득세 신고를 하지 않고 원천징수로 종결) 및 종합과세(타소득과 합산하여 종합소득세 신고를 통한 정산) 중 선택할 수 있으며, 300만원을 초과할 경우 무조건 종합과세해야 합니다.
동일연도에 근로소득과 종합과세 대상 기타소득이 동시에 존재하는 경우 다음연도 5월에 두 소득을 합산하여 종합소득세 신고를 하여야 하며, 이때 근로소득과 기타소득을 합산하여 소득세를 계산한 후 기납부세액(연말정산시 결정세액 및 기타소득 원천징수세액)과 비교하여 많이 납부되었으면 환급을 받고, 적게 납부되었으면 추가로 납부하게 됩니다.
참고로 원천징수된 금융소득(이자+배당)이 연 2천만원 이하인 경우에는 분리과세(종합소득세 신고를 하지 않고 원천징수로 납세의무 종결)에 해당하는 것이며 연 2천만원을 초과하는 경우 종합과세(다른 소득과 합산하여 종합소득세 신고)대상에 해당하는 것으로, 연 2천만원 이하인 경우에는 종합소득세 신고대상에 해당하지 않습니다.
관련규정: 소득세법 제14조 【과세표준의 계산】
사업소득 지급명세서의 제출기한 및 지급명세서 제출 불성실 가산세
【질문】
2024년 12월 귀속 사업소득분(연말정산 대상자가 아닌 사업소득자)에 대하여 2025년 4월에 지급할 예정입니다. 이 경우, 매년 3월 10일에 제출하는 사업소득 지급명세서는 지급기준으로 신고해야 하는지, 아니면 귀속기준으로 제출해야 하는지 궁금합니다. 또한, 지급기준이 아닌 귀속기준으로 신고한 경우, 지급명세서 제출 불성실 가산세가 발생하는 것인지도 궁금합니다.
한편, 2024년 12월 귀속분이 발생한 사업소득자는 2025년 5월 종합소득세 신고시 합산 신고해야 하는 건가요?
【답변】
귀 질의의 경우, ‘24.12월 귀속 및 ‘25.4월 지급 일반 사업소득 지급명세서는 2025년 지급분으로 2026. 3. 10.까지 제출하는 것입니다.
또한 귀 질의에서 지급명세서에 지급자 또는 소득자의 주소ㆍ성명ㆍ납세번호(주민등록번호로 갈음하는 경우에는 주민등록번호), 사업자등록번호, 소득의 종류, 소득의 귀속연도 또는 지급액을 적지 않았거나 잘못 적어 지급사실을 확인할 수 없는 경우 및 사실과 다른 지급급액에 대하여 지급명세서 제출 불성실 가산세가 부과되는 것으로서, 사업소득 지급명세서를 과다하게 제출한 경우에는 사업소득 지급명세서 불분명 제출분에 대하여 가산세를 부과하여야 할 것으로 사료됩니다.
한편, 지급명세서는 귀속이 아닌 지급기준으로 제출하므로 종합소득세 신고서상 수입금액(귀속기준)과 다를 수 있으며, 종합소득세 신고의 경우 수입시기(귀속)를 기준으로 하여 2024년 귀속인 경우 2025년 5월에 종합소득세 신고를 하여야 합니다.
관련규정: 소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】, 제81조의 11 【지급명세서 등 제출 불성실 가산세】
중소기업 취업자 소득세 감면대상자가 이직을 하여 감면이 누락된 경우 감면 신청방법
【질문】
2020년 3월부터 2025년 3월까지 중소기업 취업자 소득세 감면대상자에 해당합니다. 2023년 1월에 현직장으로 이직을 하여 감면 신청서를 제출했는데, 이번에 회사에 확인을 해보니 처리가 안되어 2025년 3월 현재까지의 소득세 감면 혜택을 받지 못했습니다.
회사에서는 세무사에게 맡겨서 하고 있는데 청년소득세 감면은 처음 다룬다고 해서 어떻게 진행해야 하는지 궁금합니다. 2024년분 연말정산이 끝났는데 2023년분과 함께 경정청구를 통해 환급을 받을 수 있나요? 2025년분은 어떻게 신청해야 하는지도 궁금합니다. 전직장에서는 제가 챙길게 없었는데 현직장은 소기업이라 제가 알아서 챙겨야 하는 상황이라서 문의드립니다.
【답변】
귀 질의의 경우, 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면은 이직을 한 경우에도 감면잔여기간 동안은 감면을 적용받을 수 있는 것입니다. 이 경우, 이직한 회사에 [중소기업 취업자 소득세 감면 신청서]를 다시 제출하여야 하고, 원천징수의무자인 회사는 해당 근로자에 대하여 [중소기업 취업자 소득세 감면 대상 명세서]를 작성하여 원천징수 관할 세무서장에게 제출(접수)하는 것으로, 감면신청서 제출 시 전 직장에서 중소기업취업자 소득세 감면을 적용받은 경우에 해당하므로 감면기간이 표시된 전직장 근로소득원천징수영수증을 함께 제출하여야 합니다.
회사에서 직접 세무서에 제출하거나 세무대리인을 통해 감면명세서가 제출된 후, ‘23년 귀속분은 경정청구로, ‘24년 귀속분은 2025.5월 종합소득세 신고기간에 반영하여 신고하여 주시기 바라며, ‘25년 귀속분의 경우 매월 반영이 어렵다면 2026.2월 연말정산 기간에 반영하여 신고하시면 될 것으로 사료됩니다.
관련규정: 조세특례제한법 제30조 【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】
본점에서 지점 건물 신축 관련 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부
【질문】
여러 사업장(지점)에서 마트를 운영하고 있는 법인 사업자이며, 최근 한 지점 사업장의 건물이 노후하여 신축하려고 합니다.
이때 본사(본점)에서 계약을 체결하고, 세금계산서도 본사 명의로 발행받는 경우에 본사에서 지점의 신축 건물에 대한 매입세액 환급을 받을 수 있는지 궁금합니다. 또한, 환급받을 경우 환급 세액의 계산은 지점의 과세 비율로 계산할 수 있는지도 궁금합니다.
【답변】
매출 세금계산서는 재화나 용역을 실제 공급하는 사업장에서 발급하는 것이 원칙이지만, 본점과 지점 등 2 이상의 사업장이 있는 법인사업자가 계약·발주·대금지급 등의 거래는 해당 본점에서 이루어지고, 재화 또는 용역은 지점에서 공급받는 경우 세금계산서는 본점 또는 지점 어느 쪽에서도 발급받을 수 있습니다(부가가치세법 기본통칙 32-69-4)
따라서, 귀 질의에서 지점의 사업용 건물 신축 관련하여 본점에서 계약·발주·대금지급 등이 이루어지는 경우는 본점 명의로 교부받을 수 있는 것이며, 당해 세금계산서의 매입세액은 본점의 매출세액에서 공제할 수 있는 것으로 사료됩니다.
그리고, 공통매입세액의 안분계산 및 공통매입의 정산은 본점과 지점 중 세금계산서를 발급받은 어느 쪽에서도 가능한 것으로, 지점의 면세비율로 본점에서 공통매입 안분계산 및 정산하는 것이 적정할 것으로 사료됩니다.
관련규정: 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】, 제40조 【공통매입세액의 안분】
법인 과점주주의 제2차 납세의무 한도액 계산방법
【질문】
법인의 주주 A가 50%, B가 50%의 지분을 각각 소유하고 있으며, 해당 법인의 체납액이 1억원이라고 가정하겠습니다.
A의 경우 체납액이 5천만원으로 잡힐까요. 아니면 1억원으로 잡히고 연대납세의무를 지는 것인지 궁금합니다.
【답변】
귀 질의상 법인 과점주주의 제2차 납세의무에 대한 문의로 판단되어 이에 대한 답변을 드리겠습니다.
국세기본법 제39조에 따라, 법인의 납세의무에 따른 제2차 납세의무는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 법인의 무한책임사원과 과점주주에 해당하는 자에게 있으며, 납세의무의 성립시기는 국세기본법 제21조에 규정되어 있습니다.
과점주주란 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 의미하며, 전체 출자 총액에 대해서 자신이 보유한 지분 비율을 한도로 지게 되는 것입니다.
(제2차 납세의무 한도액: 징수 부족한 금액 x 과점주주의 소유 주식 수 / 법인의 발행주식 총수)
따라서 귀 질의상 A의 제2차 납세의무 한도액은 5천만원으로 판단됩니다.
관련규정: 국세기본법 제39조 【출자자의 제2차 납세의무】
변전시설을 증설하는 경우 취득세 과세 및 산업단지등 감면대상 여부
【질문】
당사는 제조업을 운영하고 있으며, 기존 변전시설에 추가 증설을 하고자 합니다. 따라서, 변전시설 취득에 따른 취득세 납부 의무가 발생할 것으로 판단하여, 지방세특례제한법상의 산업단지 감면을 받을 수 있는지 검토하고 있습니다.
※ 지방세특례제한법 제78조 【산업단지 등에 대한 감면】 제4항
2. 경감 내용
가. 산업용 건축물등을 신축하기 위하여 취득하는 토지와 신축 또는 증축하여 취득(취득하여 중소기업자에게 임대하는 경우를 포함한다)하는 산업용 건축물등에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2025년 12월 31일까지 경감한다.
위와 같은 경우, 당사 변전시설의 증축은 상기 규정에 따른 ‘증축하여 취득하는 산업용 건축물‘에 해당하여 취득세 감면을 받을 수 있는지 궁금합니다.
【답변】
귀 질의의 경우, 변전시설은 지방세법 시행령 제6조의 개수에 해당되어 취득세 과세대상이 되나(생산관련된 부분은 제외), 건축물에 해당되지 않고 신ㆍ증축에 해당되지 않아 산업단지등 감면대상이 되지 아니할 것으로 판단됩니다.
참고로, 건물 구내에서 시설의 유지관리를 위하여 사용되는 전력의 전압변경을 위한 시설과 배전을 위한 시설을 의미한다고 할 것이고, 일반의 수요에 공하기 위한 변전ㆍ배전시설 등은 이러한 의미에서의 건축물의 부수시설물이 아니라 할 것(대법원 2006두7416, 2006.7.28. 참조)이며, 생산설비의 가동을 위한 변전ㆍ배전시설의 경우에는 취득세 과세대상에서 제외됩니다(도세 13421－30, 1994.1.13.). 따라서 건물용과 코스의 조명용으로 공용으로 사용하는 경우라면 합리적인 비율[변전시설이 공급하는 전체 전력공급량 중 코스 조명에 공급하는 전력량의 비율(조심 2011지426, 2012.4.5. 참조)]로 안분하여 코스조명에 해당하지 아니하는 비용에 대해서는 취득세 과세대상에 해당한다고 할 것입니다(지방세운영과－2286, 2016.9.2.).
관련규정: 지방세법 제6조 【정의】, 동법 시행령 제6조 【시설물의 종류와 범위】, 지방세특례제한법 제78조 【산업단지 등에 대한 감면】
지상권이 설정된 토지 위에 사옥을 신축한 이후 지상권을 해지하고 토지를 취득한 경우 취득세 중과 여부
【질문】
당사는 서울 시내에서 타인 소유 토지 위에 지상권을 설정하고, 해당 토지에 본점 사옥을 신축하였으며(건물 준공검사일 : 2022년 12월), 당시 본점 사옥에 대한 취득세(중과세)를 신고·납부 하였습니다.
이후 2025년 1월에 당사는 상기의 토지 지상권을 해지하고, 토지 소유자로부터 토지를 취득하였습니다. 이와 같이 본점 사옥에 대한 취득세를 신고·납부한 후 토지의 지상권을 해지하고 동 토지를 취득하였는바, 본점 사옥의 부속토지로 보아 취득세가 중과되는지 궁금합니다.
【답변】
귀 질의에서 귀사가 대도시 내 법인설립일부터 5년이 경과한 경우라면, 토지 취득 시 취득세 중 구 등록세분 중과는 되지 아니하는 것입니다.
한편, 대도시(과밀억제권역) 내 본점사업용 부동산으로 신ㆍ증축한 경우 취득세 중 중과기준세율(구 취득세분) 중과가 됩니다만, 신ㆍ증축 전에 취득한 토지(신ㆍ증축일 전 5년 이내 토지로 한정)는 신ㆍ증축용 부동산에 해당되어 중과가 되나, 신ㆍ증축 후 취득한 토지는 기존 건축물 부속토지이므로 신ㆍ증축용 부동산이 아니므로 중과가 되지 아니할 것으로 판단됩니다.
관련규정: 지방세법 제13조 【과밀억제권역 안 취득 등 중과】
보관위탁서비스를 제공하는 창고 면적에 대한 법인지방소득세 안분방법
【질문】
당사는 A사의 물건에 대한 보관위탁서비스를 제공하고 매달 수수료를 지급 받습니다. A사와의 보관위탁계약이 체결된 건물은 A사의 물건만 보관위탁계약되어 있습니다
이 경우 법인지방소득세를 안분하기 위해서는 해당 보관위탁계약이 체결된 건물을 당사의 사업장으로 보아 안분하여야 하는지, 아니면 A사의 사업장으로 보아 안분계산하여야 하는지 궁금합니다. 해당 소재지에는 당사와 A사 모두 사업자등록이 되어 있습니다.
【답변】
귀 질의에서 창고로서 종사 또는 근로하는 자가 없는 경우 인적설비를 갖추지 못하였는바, 사업소에 해당되지 아니할 것이므로 사업소 면적분 주민세 과세대상이라 할 수 없을 것입니다(참고로, 창고에 상주하는 것이 아니라 한 달에 3∼4번 정도 제품을 입고 및 반출하는 경우 인적설비가 존재하는 것으로 볼 수 없으므로 사업소에 해당하지 아니함). 그러나, 법인소득세 안분대상 사업장은 인적설비 또는 물적설비를 갖춘 장소를 말하므로 창고가 있는 지자체에 안분(종업원은 "0", 창고 연면적 안분)하여야 할 것입니다.
보관위탁계약 중 전용면적이 있는 경우 전용면적과 공유면적을 포함한 면적으로 안분하며, 귀문에서 보관위탁계약이 체결된 건물이 A사의 물건만 보관위탁계약되어 있다면, A사가 임차한 것으로 보아야 할 것으로 A사의 사업장에 해당될 것으로 판단됩니다.
한편, 보관위탁계약 중 전용면적이 없고, 계약에 의해 정하여진 면적 외에 수시로 사용하는 면적이라면 A사의 안분대상 사업장이 아닌 물류업자의 사업장으로 보아야 할 것입니다.
관련규정: 지방세법 제74조 【정의】, 제89조 【납세지 등】, 동법 시행령 제88조 【법인지방소득세의 안분방법】
두 군데의 대학에서 소득을 지급받는 경우 한미 조세조약상 교직자 조항에 따른 면세 적용 여부
【질문】
미국 거주자인 교수가 국내 소재 A 대학교에 2년간 초청을 받아 재직 중이며, 한미 조세조약 제20조에 따라 비과세 혜택을 받고 있습니다.
이번에 상기 교수를 또 다른 국내 대학인 B 대학교에서 초청하여 일시적인 세미나를 진행하고 수당을 지급할 경우, 거주자(183일 이상 거주할 직업을 가진 사람)로 판단하여 기타소득 등에 대한 원천징수를 해야하는 것인지 궁금합니다. 아니면 B 대학교에서 일시적으로 수행하는 소득에 대해서도 한미 조세조약 제20조의 적용이 가능한 것인지요?
【답변】
귀 질의에서 국내 B 대학교가 인가된 교육기관에 해당하는 경우, 세미나 진행 후 받는 대가는 한미 조세조약 제20조에 따라 면세될 것으로 판단됩니다.
관련규정: 한국-미국 조세조약 제20조 【교직자】
| 맺음말
위와 같이 주요 문답내용에 대해서 알아보았습니다.
'간주임대료' 관련 뉴스 5건:
임대 보증금 간주임대료 이자율 '3.5%' - 한국세정신문
부동산 간주임대료 이자율 연 3.5%→3.1%…임대인 세 부담 완화 - 뉴스핌
[세법 시행규칙] 국세·관세 환급가산금, 보증금 간주임대료 이자율…연 3.5→3.1% 하향조정 - 조세금융신문
"주택임대사업자, 임대보증금 간주임대료 이자율 연 3.5%로 조정…'유의'해야" - 日刊 NTN
전세보증금 12억 넘게 받는 집주인, 세금 냅니다[세법 시행령] - SBS Biz
'종합소득세' 관련 뉴스 5건:
국세청, 119만명 종합소득세 맞춤형 사전안내…사후엔 신고분석 - 연합뉴스
[전문가 칼럼] 2024년 귀속 종합소득세 절세전략 -부동산임대업 하는 개인사업자가 알아야 할 Tip - 조세금융신문
서울지방국세청-서울세무사회, 종합소득세 신고 간담회 - 日刊 NTN
5월은 종합소득세·개인지방소득세 신고·납부의 달 - 한려투데이
오산시 ‘개인지방소득세·종합소득세 6월2일까지 신고·납부 - 오산인터넷뉴스
'지급명세서' 관련 뉴스 5건:
"종소세 신고때 지연제출된 사업소득지급명세서 실시간 불러오기 가능" - 한국세정신문
[국세 예규] 간이지급명세서, 소득지급일 반기 마지막 달의 다음 달 말일까지 제출 - 日刊 NTN
"강연료·자문료 지급 후 '간이지급명세서' 꼭 제출하세요" - 조세일보
2024년 귀속 종합소득세 신고시 주의사항 - 세무사신문
강연·자문료 낸 사장님, 올해 '간이지급명세서' 꼭 내세요 - 한국경제
'취득세 중과' 관련 뉴스 5건:
'공시가격 2억 이하 지방주택 취득세 중과 제외' 국무회의 통과 - 한국세정신문
서산시, 저가주택 중과 취득세 직권 환급...2억 5천만 원 추산! - 디트NEWS24
2주택 '취득세 중과' 폐지 추진.. 3주택은 절반으로 - 조세일보
“매매도 분양도 찬바람”…2억 이하 지방 주택, 취득세 중과 기준 완화 - 매일경제
지방 저가주택 취득세 중과 기준 완화…1억 원 → 2억 원으로 - 대한민국 정책브리핑
'과점주주 제2차 납세의무' 관련 뉴스 5건:
[법률칼럼] 출자자 등의 제2차 납세의무란? - 바이오타임즈
[이슈] 과점주주 제2차 납세의무 과세에 “명의 빌려줬다” 주장....‘패소’ - 日刊 NTN
[판결] "명의만 빌려줬다" 주장했지만… 법원, "과점주주 납세 의무 적법" - 법률신문
법원 "회사지분 50% 넘게 가졌다면 경영 참여 안해도 2차 납세 의무" - MBC 뉴스
명의대여로 과점주주가 된 사람의 2차 납세의무 - 브런치스토리
긴 글 읽어주신 점 진심으로 감사드립니다. – 재무통 taxis
# 위 내용 중 수정 및 보완할 부분이 있으신 경우 이메일이나 댓글로 연락 주시기 바랍니다.