사례별 부가가치세 유의사항(2-3)

부가가치세를 신고한 후 국세청의 감사 시 오류나 탈루가 적발되어 부가가치세를 추징당하는 경우가 있다. 이번 호에서는 국세청에서 발간한 감사사례집의 부가가치세 지적사례 중에서 중요한 것을 정리하였다. 2022년 제1기분 부가가치세 확정신고 전에 지적내용과 유사한 내용이 있는지 검토해서 부가가치세 신고에 오류가 발생하지 않도록 하여야 할 것이다.

| 인사말

국세청 감사자료로 부가가치세 확정신고시 유의사항에 대해서 알아보겠습니다.

# 본 내용은 참고 용도로만 활용하시기 바라며, 정확한 정보는 관련 기관에서 확인하시기 바랍니다.

< 목 차 >

1. 원인무효 소송에 따른 (-)수정매입세금계산서의 미수취 및 신고누락
2. 과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산 누락
3. 과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산의 오류
4. 다중주택에 대한 국민주택 여부 검토 소홀로 부가가치세 부족징수
5. 사업의 포괄 양수 후 과세유형전환자에 대한 재고납부세액 부족징수
6. 토지의 자본적 지출 관련 매입세액 부당공제
7. 환급 후 개인적 공급 등에 대한 부가가치세 부족징수
8. 의제매입세액 공제율 과다적용으로 부가가치세 부족징수
9. 면세를 포기하고 영세율을 적용받은 사업자의 의제매입세액 부당공제

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4. 다중주택에 대한 국민주택 여부 검토 소홀로 부가가치세 부족징수

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신고내용

주택신축판매업자 A는 다중주택으로 건축허가를 받아 다중주택을 건설하여 사용승인을 받은 후 각 실별로 취사시설을 설치하여 다가구주택으로 용도를 개조하여 분양하였다. 주택신축판매업자 A는 그 주택을 공급할 때 세대별 전용면적을 기준으로 국민주택규모 여부를 판단하여 국민주택으로 보아 면세로 신고하였다.

감사지적내용

국세청 감사관실에서는 다중주택으로 건축허가 및 사용승인을 받은 경우에는 각 실별로 취사시설을 설치하여 다가구주택으로 개조하였더라도 공부상 다중주택이라면 주택법에 따른 다가구주택에 해당하지 않으므로 전체 주거전용면적을 기준으로 국민주택 여부를 판단해야 함에도 세대별 전용면적을 기준으로 국민주택 여부를 판단하여 부가가치세를 부족하게 징수하였다고 지적하였다.

(대법원 2020두42637, 2021.1.28., 판결)
이 사건 주택은 ‘다중주택’으로 건축허가 및 사용승인을 받은 다음 용도변경의 허가 없이 임의로 각 실별로 취사시설을 설치한 것에 불과하고 공부상 용도 역시 ‘다중주택’이므로, ‘다가구주택’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 면세조항의 적용과 관련하여 이 사건 주택의 규모가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부는 가구당 전용면적이 아닌 전체 주거전용면적을 기준으로 판단하여야 하는데, 이 사건 주택의 전체 주거전용면적은 주택법에 따른 국민주택 규모의 상한인 85㎡를 초과함이 명백하므로, 결국 이 사건 주택은 이 사건 면세조항의 ‘국민주택’에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

부가가치세 신고 시 검토사항

국민주택의 공급은 공급자가 누구인지 여부 및 완공 정도에도 불구하고 부가가치세가 면제된다(조특집 106-0-3). 국민주택이란 주택법 제2조 제1호에 따른 단독ㆍ공동주택으로서, 주거전용면적이 1호(戶) 또는 1세대당 85㎡(수도권정비계획법 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100㎡) 이하인 주택을 말한다(조특법 §106 ① 4호, 조특령 §106 ④ 1호).

국민주택규모 이하를 판정할 경우 아파트ㆍ연립주택ㆍ다세대주택 등 공동주택과 다가구주택은 1세대당(다가구주택은 가구당) 전용면적을 기준으로 국민주택인지 판단하나, 단독주택과 다중주택은 전체 주거전용 면적을 기준으로 국민주택인지 판단한다(서면3팀-2078, 2006.9.8.).

국민주택의 판단기준

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5. 사업의 포괄 양수 후 과세유형전환자에 대한 재고납부세액 부족징수

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신고내용

일반과세자 A는 재화 매입 시 매입세액공제를 받은 후 사업을 일반과세자 B에게 포괄양도하였고, 일반과세자 B는 매출이 저조하여 간이과세자로 전환되었다. 전환일 현재 일반과세자 A가 매입세액공제를 받은 재화가 B의 사업장에 있었으나 B는 부가가치세 신고 시 재고납부세액을 신고하지 아니하였다.

감사지적내용

국세청 감사관실에서는 재고납부세액 계산은 매입세액공제를 받은 재화에 한하며, 사업양도에 의하여 사업양도자가 매입세액공제를 받은 재화를 포함하므로 재고납부세액을 납부세액에 가산해야 한다고 지적하였다.

부가가치세 신고 시 검토사항

일반과세자가 간이과세자로 과세유형이 변경된 경우 그 변경일 현재 보유하는 재고품, 건설 중인 자산, 감가상각자산은 일반과세자로서 매입세액을 공제받은 자산이나 간이과세자로 과세될 것이므로 매입세액공제와 납부세액이 대응되지 않는다. 

이에 따라 당초 일반과세자로서 공제받은 매입세액과 간이과세자로 공제받을 매입세금계산서 등 수취세액공제액과의 차액을 납부세액에 가산하는 제도를 두고 있는데, 이를 재고납부세액 (재고품 등 매입세액 가산)이라고 한다. 사업양수자가 양수한 자산으로서 사업양도자가 매입세액을 공제받은 재화도 재고납부세액 계산대상인 점에 유의해야 한다.

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6. 토지의 자본적 지출 관련 매입세액 부당공제

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신고내용

사업자 A는 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하였다. 사업자 A는 철거한 건축물의 취득에 대한 매입세액과 철거비용에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

감사지적내용

국세청 감사관실에서는 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 그 매입세액은 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액이므로 매출세액에서 공제할 수 없는데도 부가가치세 환급 검토 소홀로 부가가치세를 부족징수하였다고 지적하였다.

부가가치세 신고 시 검토사항

토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 토지의 공급은 면세거래로서 매출세액을 발생시키지 못하므로 그에 대응하여 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액을 공제하지 않는다. 

토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액이란 토지의 가치를 증가시키는 것을 말하며, 그 범위는 다음과 같다(부령 §80).
①토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지조성 등을 위한 매입세액
②건축물이 있는 토지를 취득하여 건축물을 철거하고 토지만을 사용하거나, 취득한 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 신축하는 경우에 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(재소비-208, 2004.2.24.)
③토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득가액을 구성하는 비용에 관련된 매입세액
부가가치세 신고 시 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액이 있는지 검토하여 매입세액을 불공제해야 한다. 토지 조성 등을 위한 자본적 지출 관련 매입세액에 대한 사례는 다음과 같다.

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| 맺음말

위와 같이 국세청 감사과정에서 지적된 사례 중 부가가치세에 대한 다양한 사례와 세무상 유의사항들에 대해서 알아보았습니다.

긴 글 읽어주신 점 진심으로 감사드립니다. – 재무통 taxis

# 위 내용 중 수정 및 보완할 부분이 있으신 경우 이메일이나 댓글로 연락 주시기 바랍니다.