사례별 부가가치세 유의사항(3-3)

부가가치세를 신고한 후 국세청의 감사 시 오류나 탈루가 적발되어 부가가치세를 추징당하는 경우가 있다. 이번 호에서는 국세청에서 발간한 감사사례집의 부가가치세 지적사례 중에서 중요한 것을 정리하였다. 2022년 제1기분 부가가치세 확정신고 전에 지적내용과 유사한 내용이 있는지 검토해서 부가가치세 신고에 오류가 발생하지 않도록 하여야 할 것이다.

| 인사말

국세청 감사자료로 부가가치세 확정신고시 유의사항에 대해서 알아보겠습니다.

# 본 내용은 참고 용도로만 활용하시기 바라며, 정확한 정보는 관련 기관에서 확인하시기 바랍니다.

< 목 차 >

1. 원인무효 소송에 따른 (-)수정매입세금계산서의 미수취 및 신고누락
2. 과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산 누락
3. 과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산의 오류
4. 다중주택에 대한 국민주택 여부 검토 소홀로 부가가치세 부족징수
5. 사업의 포괄 양수 후 과세유형전환자에 대한 재고납부세액 부족징수
6. 토지의 자본적 지출 관련 매입세액 부당공제
7. 환급 후 개인적 공급 등에 대한 부가가치세 부족징수
8. 의제매입세액 공제율 과다적용으로 부가가치세 부족징수
9. 면세를 포기하고 영세율을 적용받은 사업자의 의제매입세액 부당공제

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7. 환급 후 개인적 공급 등에 대한 부가가치세 부족징수

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신고내용

국민주택 규모 초과 주택을 신축하면서 매입세액을 공제받은 후 사업자가 그 주택을 주거용으로 직접 사용하였다. 해당 사업자는 국민주택 초과 주택을 거주용으로 사용한 것에 대하여 부가가치세 신고 시 과세대상에 포함하지 않았다.

감사지적내용

국세청 감사관실에서는 매입세액을 공제받은 국민주택 초과 주택을 사업자가 거주용으로 사용하는 것은 개인적 공급이나 이에 대하여 검토 소홀로 부가가치세가 부족징수되었다고 지적하면서 부가가치세 환급 시 사업장 소재지와 사업자의 주소지 동일 여부를 확인하여 개인적 공급 등 징수사유에 대하여 사후관리를 철저히 할 필요가 있다고 강조하였다.

부가가치세 신고 시 검토사항

사업자가 매입세액을 공제받은 재화를 사업과 직접적인 관계없이 자기의 개인적인 목적이나 그 밖의 다른 목적을 위하여 사용ㆍ소비하는 경우에는 간주공급(개인적 공급)으로 보아 부가가치세를 과세한다. 

상가주택이나 오피스텔을 구입할 때 매입세액을 공제받은 후 자기가 거주하는 경우에는 개인적 공급으로, 주택으로 임대하는 경우에는 면세전용으로 보아 부가가치세를 과세해야 하는 점에 유의해야 한다.

토지 관련 매입세액 사례(매입세액 불공제)

• 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
• 토지의 취득을 위한 직접적인 비용으로 발생한 매출주선 수수료 등 토지의 취득에 소요된 것이 명백한 대출금 관련 매입세액
• 사업자가 금융자문용역을 공급받고 발급받은 세금계산서상의 매입세액 중 토지의 취득과 관련된 매입세액
• 공장건물 신축을 위하여 임야에 대지조성공사를 하는 경우 해당 공사비용 관련 매입세액
• 토지의 조성과 건물ㆍ구축물 등의 건설공사에 공통으로 관련되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 총공사비(공통비용 제외)에 대한 토지의 조성 관련 공사비용의 비율에 따라 계산한 매입세액
• 토지의 취득을 위하여 지급한 중개수수료, 감정평가비, 컨설팅비, 명의이전비용에 관련된 매입세액
• 과세사업을 하기 위한 사업계획 승인 또는 인ㆍ허가 조건으로 사업장 인근에 진입도로를 건설하여 지방자치단체에 무상으로 귀속시킨 경우 진입도로 건설비용 관련 매입세액

토지 관련 매입세액이 아닌 것(매입세액 공제)

• 공장 또는 건물을 신축하면서 건축물 주변에 조경공사를 하여 정원을 만든 경우 해당 공사 관련 매입세액
• 과세사업에 사용하기 위한 지하건물을 신축하기 위하여 지하실 터파기에 사용된 중기사용료, 버팀목 및 버팀 철근 등에 관련된 매입세액
• 토지와 구분되는 감가상각자산인 구축물(옹벽, 석축, 하수도, 맨홀 등) 공사 관련 매입세액
• 공장 구내의 토지 위에 콘크리트 포장공사를 하는 경우 해당 공사 관련 매입세액
• 과세사업에 사용하여 오던 자기 소유의 노후 건물을 철거하고 신축하는 경우 해당 철거비용과 관련된 매입세액

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8. 의제매입세액 공제율 과다적용으로 부가가치세 부족징수

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신고내용

제조업에 해당하는 사업자가 음식점업의 공제율을 적용하여 의제매입세액을 공제하였다.

감사지적내용

국세청 감사관실에서는 의제매입세액공제 적용 시 과다 적용 여부를 검토하여 부가가치세가 과소납부되지 않도록 유의해야 한다고 지적하였다.

부가가치세 신고 시 검토사항

사업자가 부가가치세를 면제받아 공급받거나 수입한 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물ㆍ소금(이하 “면세농산물 등”)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우(면세를 포기하고 영세율을 적용받는 경우 제외)에는 의제매입세액공제를 받을 수 있다.

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9. 면세를 포기하고 영세율을 적용받은 사업자의 의제매입세액 부당공제

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신고내용

면세를 포기하여 영세율을 적용받는 사업자가 면세농산물을 그대로 또는 단순(1차) 가공하여 수출하면서 면세농산물 등에 대하여 의제매입세액공제를 적용하였다.

감사지적내용

국세청 감사관실에서는 면세포기로 영세율이 적용되는 사업자가 면세농산물 등을 그대로 또는 단순(1차) 가공을 거쳐 수출하는 경우 의제매입세액공제 대상이 아니므로 의제매입세액공제 적용 시 과다적용 여부를 검토하여 부가가치세가 과소납부되지 않도록 해야 한다고 지적하였다. 

영세율 매출 신고 사업자가 의제매입세액공제를 받은 경우 세적변경이력조회(BB04 화면)로 면세포기 여부, 수출통관자료(DAC3 화면)의 HS코드표로 제조ㆍ가공을 거치지 아니한 수출 재화 여부를 확인할 필요가 있다는 점을 강조하였다.

부가가치세 신고 시 검토사항

면세농산물 등을 그대로 또는 단순(1차)가공을 거쳐 수출하여 영세율이 적용되는 경우에 해당 사업자가 면세포기하더라도 면세농산물 등은 의제매입세액공제 대상에 해당하지 아니하나, 면세농산물 등을 제조ㆍ가공한 후 수출하여 영세율이 적용되는 경우에 해당 사업자가 면세포기하면 의제매입세액공제 대상에 해당한다(부집 28-57-1 ). 

따라서 면세를 포기하여 영세율을 적용받는 경우 제조ㆍ가공을 하였는지를 확인해서 의제매입세액공제 여부를 판단하여야 한다.

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| 맺음말

위와 같이 국세청 감사과정에서 지적된 사례 중 부가가치세에 대한 다양한 사례와 세무상 유의사항들에 대해서 알아보았습니다.

긴 글 읽어주신 점 진심으로 감사드립니다. – 재무통 taxis

# 위 내용 중 수정 및 보완할 부분이 있으신 경우 이메일이나 댓글로 연락 주시기 바랍니다.