사례별 부가가치세 유의사항(1-3)

부가가치세를 신고한 후 국세청의 감사 시 오류나 탈루가 적발되어 부가가치세를 추징당하는 경우가 있다. 이번 호에서는 국세청에서 발간한 감사사례집의 부가가치세 지적사례 중에서 중요한 것을 정리하였다. 2022년 제1기분 부가가치세 확정신고 전에 지적내용과 유사한 내용이 있는지 검토해서 부가가치세 신고에 오류가 발생하지 않도록 하여야 할 것이다.

| 인사말

국세청 감사자료로 부가가치세 확정신고시 유의사항에 대해서 알아보겠습니다.

# 본 내용은 참고 용도로만 활용하시기 바라며, 정확한 정보는 관련 기관에서 확인하시기 바랍니다.

< 목 차 >

1. 원인무효 소송에 따른 (-)수정매입세금계산서의 미수취 및 신고누락
2. 과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산 누락
3. 과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산의 오류
4. 다중주택에 대한 국민주택 여부 검토 소홀로 부가가치세 부족징수
5. 사업의 포괄 양수 후 과세유형전환자에 대한 재고납부세액 부족징수
6. 토지의 자본적 지출 관련 매입세액 부당공제
7. 환급 후 개인적 공급 등에 대한 부가가치세 부족징수
8. 의제매입세액 공제율 과다적용으로 부가가치세 부족징수
9. 면세를 포기하고 영세율을 적용받은 사업자의 의제매입세액 부당공제

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1. 원인무효 소송에 따른 (-)수정매입세금계산서의 미수취 및 신고누락

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신고내용

사업자 A는 사업자 B로부터 개발사업권을 양수하고 매입세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받았다. 그 후 법원에서 계약이 무효로 확정판결되었으나, 사업자 B는 (-)세금계산서를 발급하지 아니하였다.

감사지적내용

법원의 판결에 따라 당초 재화의 공급이 무효로 된 경우 공급받은 자는 재화를 반환하고 매매대금을 돌려받아야 하므로 수정세금계산서를 발급해야 한다. 따라서 사업자 B는 사업자 A에게 (-)수정세금계산서를 발급해야 하고, 사업자 A는 발급받은 (-)수정세금계산서의 매입세액을 매입세액에서 차감해서 세액을 납부해야 한다.

부가가치세 신고 시 검토사항

계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우에는 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하여야 한다.

계약이 법원에서 무효 판결되거나 계약이 해제된 경우에는 수정세금계산서를 발급하였는지 검토하여 수정세금계산서 발급사유에 해당하는 경우 수정세금계산서를 발급하거나 발급받아 부가가치세 신고에 반영해야 한다.

만일, 당초 세금계산서를 발급받아 매입세액을 공제받은 후 수정세금계산서 발급사유가 발생하였는데 거래상대방이 폐업한 경우에는 수정세금계산서는 발급받을 수 없으나, 그 사유가 발생한 때가 속하는 과세기간에 당초에 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다.

관련 예규 및 판례

(부가가치세과-547, 2011.5.25.)
사업자가 법원의 판결에 의하여 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생되는 경우 「부가가치세법 시행령」 제59조 제1항 제3호에 따른 수정세금계산서 발급사유에 해당하는 것임.
* 부가가치세법 시행령 제59조 → 제70조로 변경

(부가46015-23, 1998.1.8.)
건설공사를 도급받은 사업자가 선수금을 지급받고 일부공사를 진행하던 중에 공사중지 및 공사무효 확인소송이 제기되어 법원에 계류 중인 경우에도 계약내용에 따라 거래시기가 도래된 부분에 대하여는 각각의 거래시기에 세금계산서를 교부하여야 하며, 법원판결에 의하여 당초 내용이 변경되는 경우 법원의 확정판결이 있는 때에 당초 내용을 변경하는 수정세금계산서를 교부함.

(서면3팀-2764, 2006.11.13.)
사업자가 사업용 부동산을 양도하면서 세금계산서를 교부한 후 이에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부하고 폐업신고 하였으나, 그 후 당해 부동산 양도거래가 원인무효 판결로 인하여 취소된 경우 수정세금계산서는 교부할 수 없으며, 신고ㆍ납부한 부가가치세에 대하여 경정청구할 수 있는 것임. 또한, 당초 부동산을 양수한 사업자가 공제받은 매입세액에 대하여는 기질의회신사례(서면3팀-305, 2005.3.3.)를 참고하기 바람.

(서면3팀-305, 2005.3.3.)
사업자가 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화 또는 용역을 공급받기로 약정하고 거래시기에 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제하였으나, 거래상대방의 폐업으로 당초 계약이 취소되어 재화 또는 용역의 공급을 받지 못한 경우에는 그 사유가 발생한 때가 속하는 과세기간에 당초에 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여야 하는 것임. 위와 관련된 기 질의회신문(재소비46015-36, 1995.2.7.)을 참고바람.

(재소비46015-36, 1995.2.7.)
사업자가 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급받기로 약정하고 계약금에 대한 세금계산서를 교부받아 매입세액으로 공제받았으나, 거래상대방의 폐업으로 당초 계약이 취소되어 재화 또는 용역을 공급받지 못한 경우에는 그 사유가 발생한 때가 속하는 과세기간에 당초에 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 정부에 납부하여야 함.

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2. 과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산 누락

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신고내용

슈퍼를 운영하기 위하여 취득한 건물에 대한 매입세액을 부가가치세 신고 시 전액 공제대상 매입세액으로 하여 매출세액에서 공제하였다.

감사지적내용

국세청 감사관실에서는 슈퍼는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자이므로 조기환급 검토 시 공통매입세액에 대하여 면세공급가액(또는 예정사용면적)을 확인하여 안분계산을 해서 매입세액이 과다공제되지 않도록 하라고 지적하였다.

부가가치세 신고 시 검토사항

약국, 슈퍼, 신문사, 잡지사 등은 대표적인 과세ㆍ면세 겸영사업자이다. 건물 등을 구입하여 과세사업과 면세사업에 함께 사용하는 경우 공통매입세액은 실지귀속에 따라 어떤 사업의 매입세액인지를 구분해야 하고, 실지귀속이 불분명한 공통매입세액은 안분계산해야 한다.

공통매입세액을 안분계산하는 경우 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있는 경우에는 다음 계산식에 따라 면세사업 등과 관련된 매입세액을 계산한다(도축업은 도축두수로 안분계산함). 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간의 *총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다(부령 §81 ①, 부칙 §54 ①).

면세사업등 관련된 매입세액(매입세액 불공제분) ＝ 공통매입세액 ×  면세공급가액

*총공급가액
총공급가액이란 공통매입세액에 관련된 과세사업의 공급가액과 면세사업(비과세사업 포함)의 수입금액 합계액을 말한다. 과세사업의 공급가액은 재화ㆍ용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준(영세율 과세표준 포함)의 합계액을 말하며, 면세사업(비과세사업 포함)의 공급가액은 면세사업의 수입금액 합계액을 말한다. 총괄납부사업자가 판매목적으로 타 사업장에 반출한 과세재화와 면세재화는 공통매입세액의 안분계산 시 공급가액에 포함하나, 공통매입세액과 관련이 없는 고정자산의 매각액은 공급가액에 포함하지 아니한다(서삼 46015-11127, 2002.7.5.; 부가 1265-1604, 1984.7.28.).

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3. 과세ㆍ면세 겸영사업자의 공통매입세액의 안분계산의 오류

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신고내용

여러 개의 사업장이 있는 과세ㆍ면세 겸영사업자가 공통매입세액의 안분계산 시 사업자 전체의 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분계산하여 공통매입세액 중 면세사업의 매입세액을 계산하여 불공제 매입세액으로 신고하였다.

감사지적내용

국세청 감사관실에서는 여러 개의 사업장이 있는 과세ㆍ면세 겸업사업자의 공통매입세액 안분계산은 사업장 단위별로 안분계산을 하여야 하는데도 사업자 전체의 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율로 안분계산함으로써 부가가치세를 부족징수하였다고 지적하였다.

부가가치세 신고 시 검토사항

여러 개의 사업장(건설업은 건설현장)이 있는 사업자의 공통매입세액은 해당 사업장(건설업은 건설현장) 단위의 공통매입세액과 관련된 사업부별로 구분하여 안분계산하되, 각 사업장에 공통으로 사용되는 매입세액은 각 사업장의 공급가액의 합계액으로 안분계산한다(서면3팀-2329, 2004.11.16.).

사업자 단위 과세사업자가 각 사업장에서 동일한 업종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 각 사업장별로 안분계산한 후, 본점 또는 주사업장에서 이를 합산하여 신고한다(부가-814, 2009.6.15.)

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| 맺음말

위와 같이 국세청 감사과정에서 지적된 사례 중 부가가치세에 대한 다양한 사례와 세무상 유의사항들에 대해서 알아보았습니다.

긴 글 읽어주신 점 진심으로 감사드립니다. – 재무통 taxis

# 위 내용 중 수정 및 보완할 부분이 있으신 경우 이메일이나 댓글로 연락 주시기 바랍니다.