2024년 1분기 조세심판 결정내용 요약

1. 조심 2022서7076, 2024.3.11

(제 목)	쟁점기부채납과 관련된 매입 건들이 매입세액 공제대상인지
(사실관계)	청구법인은 수익형 민간투자사업(BTO)을 영위하기 위해 설립된 법인으로, 광역철도망을 건설하여 국가에 기부채납하고 관리운영권을 취득하는 사업을 면세거래로 보아 건설단계에서 부담한 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하였음.
(처분개요)	청구법인은 위 사업을 영세율 거래로 보아 16.2기~20.2기분 매입세액에 대하여 경정청구를 하였으나 처분청은 기부채납 절차가 완료된 시점(22.5.27.)에 비추어 개정 후 규정(조특법 §105①3호가목) 적용대상으로 보아 이를 거부하였음.
(심판결정)	처분청이 2022.4.15. 청구법인에게 한 2016년 제2기~2020년 제2기 부가가치세 매입세액 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소함.
(판단이유)	① 조세특례제한법은 20.12.29. 민간투자법에 따른 사업시행자가 부가가치세가 면제되는 사업을 할 목적으로 국가 등에 공급하는 사회기반시설 등을 영세율의 적용대상에서 제외하는 것으로 개정된 점, ② 국세기본법 제21조 제2항 제4호는 부가가치세의 납세의무 성립시기를 과세기간이 끝나는 때 납세의무가 성립된다고 규정하고 있는 점, ③ 부가가치세법 제38조 제2항은 “매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다”고 규정하고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 이 건 기부채납과 관련된 매입 건들은 개정법률 시행 전에 이미 종료된 과세기간에 재화 또는 용역의 제공이 이루어진 건으로 해당 과세기간의 매출세액에서 공제되어 신고ㆍ납부된 것임에도 그 경정청구를 거부한 처분은 국세기본법상 소급과세 금지 원칙, 부가가치세법상 매입세액의 공제시기 규정 등의 취지에 어긋남.

2.조심 2023중9825, 2024.1.11.

(제 목)	미등기주택의 등기된 부수토지에 대해 1세대1주택 비과세 적용 여부
(사실관계)	청구인은 미등기 주택과 그 주택의 부수토지를 양도 후 당초 양도소득세를 신고ㆍ납부하였나, 이후 청구인은 양도 당시 1세대 1주택자에 해당하고 부수토지는 등기되었으므로 부수토지분에 대해 비과세를 적용하여 양도소득세 일부를 환급해 줄 것을 경정청구하였음.
(처분개요)	처분청은 미등기 양도자산에 대해서는 비과세를 배제하여야 한다고 하며 미등기 주택의 부수토지에 대해서도 비과세를 배제하는 것이 타당하다고 보아 경정청구를 거부하였음.
(심판결정)	처분청의 경정청구 거부처분은 이를 취소함.
(판단이유)	청구인이 무허가주택의 등기가 가능하였음에도 불구하고 미등기 상태로 양도하여 1세대 1주택 비과세가 배제되는 것은 타당하나, 부수토지는 등기가 완료된 상태이며 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있는 것으로 보이는 점, 미등기양도자산에 대한 비과세 적용을 배제한 입법취지를 고려하여 부수토지의 양도에 투기 또는 조세회피 목적이 있었다고는 볼 수 없어 그 부수토지에까지 비과세 적용을 배제하는 것은 부당한 점 등에 비추어 부수토지의 양도소득세에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당함.

3. 조심 2023방4294, 2024.2.6.

(제 목)	2주택을 소유하면서 주민등록표상 함께 기재되어 있는 청구인들을 1세대로 보아 재산세 1세대 1주택 특례세율을 배제한 처분의 당부
(사실관계)	부부인 청구인 AAA[남편(세대주)]·BBB(아내)는 쟁점주택①의 지분 1/2씩 각 소유하고 있고, 청구인 CCC(BBB의 동생)는 쟁점주택②를 소유하고 있으며, 2023년 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구인들은 동일한 세대별 주민등록표에 기재되어 있고, CCC는 요양원에 입소하여 생활하고 있음.
(처분개요)	처분청들은 청구인들을 1세대로 보아 쟁점주택①·②에 대하여 1세대 1주택 특례세율을 배제하여 2023년 재산세를 부과하였음.
(심판결정)	청구인들이 소유한 쟁점주택①·②에 대한 2023년 재산세를 1세대 1주택 특례세율을 적용하여 그 세액을 경정함.
(판단이유)	주민등록법령에 따라 「민법」상 가족의 범위에 속하지 아니하는 사람은 세대별 주민등록표의 동거인란에 기록하고 가족의 범위에 속하지 아니하는 사람에 해당하는지 여부는 세대주를 기준으로 판단해야 할 것인바, 「민법」제779조에서 배우자의 형제자매는 생계를 같이 하는 경우에 한하여 가족으로 한다고 규정하고 있으므로 세대주인 AAA을 기준으로 CCC는 배우자의 형제자매에 해당하고 별도로 생계를 유지(요양원 입소)하고 있으므로 세대별 주민등록표상 동거인에 해당하는 것으로 보는 것이 타당함. 따라서 청구인 AAA·BBB와 청구인 CCC는 별도 세대에 해당한다고 보아 쟁점주택①·②에 대하여는 재산세 1세대 1주택 특례세율을 적용하여야 함.