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세무/소득세

종합소득세 추징사례

by taxis 2024. 5. 9.
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종합소득세를 신고한 후 국세청의 조사로 신고오류나 탈루가 적발되어 추징당하는 몇 가지 사례를 정리하였습니다. 대표자 및 실무자분들께서는 유사한 내용이 있는지 검토하셔서, 종합소득세 신고에 오류가 발생하지 않도록 주의하시기 바랍니다.

| 인사말

안녕하세요? 오늘은 종합소득세 추징사례에 대해서 알아보겠습니다.

# 본 내용은 참고 용도로만 활용하시기 바라며, 정확한 정보는 관련 기관에서 확인하시기 바랍니다.

< 목 차 >

1. 사업소득
2. 부동산매매업자의 사업소득
3. 기타소득
4. 소득금액계산특례
5. 세액공제 및 감면
6. 종합소득세 추계신고


1. 사업소득


(1) 감가상각비 등 수정신고 검토 소홀로 종합소득세 부족징수

•(신고내용) 매출누락에 대한 종합소득세 수정신고를 하면서 확정신고시 필요경비로 계상하지 아니한 감가상각비를 추가 필요경비에 산입하여 신고함

•(추징내용)
① 감가상각비는 결산조정사항이므로 결산서에 손비로 계상한 경우에 한하여 상각범위액의 범위에서 필요경비로 인정
② 감가상각비는 종합소득 과세표준 확정 신고시 계상한 경우에 한하여 필요경비로 보는 것으로 수정신고에 의하여 필요경비에 산입할 수 없음에도 이에 대한 검토 소홀로 소득세 부족징수

(2) 특허권(실용신안권) 대여소득에 대한 종합소득세 등 부족징수

•(신고내용) 특허권이나 실용신안권을 건설회사 등에 계속적/반복적으로 대여하고 그 대가를 수령하여 기타소득으로 종합소득세를 신고

•(추징내용)
① 소득세법 등 관련 규정의 체계와 내용 등에 의하면 원고의 쟁점소득이 ‘사업소득’에 해당하는지 여부를 먼저 판단하고, 사업소득에 해당하지 않는다고 판단될 경우에 비로소 ‘기타소득’에 해당하는지 여부를 판단하여야 함. 특허권의 대여소득이 ‘사업소득’에 해당하는지 여부는 특허권 대여행위의 영리성,계속/반복성의 유무,거래기간의 장단,제공받은 금액의 다과 등 여러 사정을 고려하여 사회통념에 비추어 결정하여야 함.
② 특허권의 대여소득을 사업소득으로 볼 경우, 한국표준산업분류에 따르면 ’무형재산권 임대업’으로(통계청고시 제2007-53호)으로 볼 수 있음.
③ 건설관련 원천기술을 토대로 취득한 특허권 및 실용신안권 등을 보유한 미등록사업자가 ○○건설회사 등에 수년간 특허권 등을 일시적이 아닌 계속적/반복적으로 수차례 대여하고 받은 수수료는 수익을 목적으로 한 사업활동으로 볼 수 있어 사업소득에 해당하나 기타소득으로 신고한 내용을 그대로 두어 종합소득세 부족징수

특허권의 계속적·반복적 대여행위는 무형재산권 임대업으로서 이에 대한 대여소득은 사업소득에 해당함 기각
조심-2015-구-0481 귀속년도 : 2012 심급 : 심판 생산일자 : 2015.05.01. 진행상태 : 완료
 
요지
무형재산권의 계속적·반복적 대여행위로서 무형재산권 임대업에 해당하는 것으로 보이는 점, 쟁점특허권대여료 미수령에 따라 확정된 채권이 청구인의 채무와 상계된 점 등에 비추어 쟁점금액을 사업소득으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없음
주 문
심판청구를 기각한다.
 
이 유
1. 처분개요
가. 청구인은 2011.8.1.부터 경기도 OOO에서 OOO 등의 제조업을 영위하는 OOO의 대표이사로 2011.9.15. 청구인이 개발한 특허권(이하 “쟁점특허권”이라 한다)을 OOO에게 대여하기로 계약을 체결하였다.
나. 처분청은 청구인이 쟁점특허권을 대여하고 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 사업소득을 신고누락한 것으로 보아 추계결정한 사업소득금액을 청구인의 근로소득과 합산하여 2014.6.5. 청구인에게 2012년 귀속 종합소득세 OOO원을 결정고지하였다가, 쟁점금액의 공급가액으로 소득금액을 재산정하여 세액을 OOO원으로 감액경정하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2014.7.21. 이의신청을 거쳐 2014.11.21. 심판청구를 제기하였다.
 
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 특허권을 대여하고 받은 대여료는 사업소득이 아니라 기타소득으로 보아야 한다.
(가) 「소득세법」상 사업소득으로 되기 위해서는 청구인의 행위가「소득세법」제19조 제1항 각 호에 규정된 사업의 어느 하나에 속하여야 하나, 청구인의 행위는 이미 발명하여 특허를 받은 특허권을 대여하는 행위로서「소득세법」제19조 제1항 각 호의 어디에도 해당되지 않고「소득세법」상 사업이라 함은 소득을 얻는 생산적인 활동을 일상적, 계속적, 반복적으로 수행한다는 것을 의미한다 할 것인데, 청구인은 특허권을 대여하는 단 한차례의 계약을 체결하였을 뿐이고, 그 후 계약내용에 따라 소득을 일부만 수령한 것에 불과하며, 그러한 소득을 얻기 위하여 어떠한 생산적 활동을 수행한 사실이 없다.
(나) 「부가가치세법」제2조 제1항의 사업자는 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 사람을 뜻하는 것(대법원 1997.9.17. 선고 98두16705)이라고 판시하고 있어 대여기간의 장·단은 소득귀속 판단의 절대적 기준은 아니지만 청구인은 평생 유일한 대여행위이면서 겨우 1년이라는 짧은 기간 동안 쟁점특허권의 대여가 이루어진 것을 두고 이를 사업소득에 해당한다고 보아 과세함은 부당하다.
(다) 이의신청 결정서에서는 특허권을 무형고정자산으로 계상하여 감가상각을 통해 필요경비로 계상해야 한다고 판단하고 있으나 쟁점금액을 복식장부로 기장하여 무형자산으로 계상한 후 감가상각을 통해 조정한다는 것은 사회통념상 실현가능성이 없는 형태로서 이는 현실을 고려하지 않은 지극히 국고주의적인 판단에 지나지 않는다.
(라)「소득세법」제21조 제1항에서 규정하는 산업재산권 등의 대여소득은 산업재산권이 존속하는 기간 동안 매년 발생되도록 되어 있는 바, 이 경우 과세대상인 수입금액은 매년 수령하는 대여료가 될 것이지만, 대응되는 필요경비는 발생되는 것이 없는 등 그 수입금액에 대하여 필요경비를 입증하여 공제하는 것은 현실적으로 불가능하므로 이러한 특성을 고려하여 필요경비 공제를 위해 일률적인 기준을 정하여 대여소득 등의 80%를 필요경비로 공제하도록「소득세법 시행령」제87조 제1호에 규정하고 있는 것이며, 쟁점금액은 필요경비 대응 등의 문제가 있어 위 산업재산권 등과 동일하다고 볼 수 있으므로 기타소득이 분명하고 사업소득으로 과세한 이 건 처분은 부당하다.
(2) 사업소득에 해당한다 할지라도 쟁점금액 중 일부만 수령하고, 나머지 금액은 채권을 포기하는 합의서를 작성하였으므로 수령한 금액에 대해서만 부과처분하여야 한다.
(가) 청구인은 2008.6.11. OOO이라는 특허권을 개발한 후 2009년 OOO을 설립하여 대표이사로 취임하였고 이후 공동사업자인 OOO의 권유로 2011.9.15. OOO이 특허권을 사용할 수 있도록 하는 계약을 체결하였으나 당초 예상과는 달리 OOO의 계획이 원활히 진행되지 않아서 청구인은 계약상 지급받기로 했던 대여료를 2012년 1월부터 4월까지 OOO만 수령하였고, 그 후로는 단 한푼도 받지 못하였다.
(나) 처분청의 이의신청결정서에는 「소득세법」상 자산을 임대하여 발생하는 소득금액의 경우 계약 또는 관습에 따라 지급기일이 정해진 것은 그 정해진 날이 수입시기라고 규정되어 있는바, 청구인은 계약서상 매월 OOO을 지급받기로 계약한 사실이 있고, 2013.6.14. 채권포기합의서를 작성한 것으로 확인되어 일단 성립된 소득세 납세의무는 아무런 영향을 미칠 수 없으나 청구인과 OOO 간에 체결된 합의서에서 청구인이 쟁점금액 중 OOO원을 수령하지 못한 사실이 확인되고, 청구인과 OOO간에 이미 채권채무관계가 소멸하였음에도 불구하고 처분청이 특허권사용료 미수령액에 대해 채권채무의 관계로 보아 과세한 처분은 위법하며, 2013.6.14. 청구인과 OOO 간에 체결된 합의서에 청구인이 받아야 할 대여료 미수령금액을 포기하였고 OOO도 이를 채무면제이익으로 계상한 사실이 나타난다.
 
나. 처분청 의견
(1) 청구인은 쟁점특허권을 대여하고 수령한 쟁점금액이 기타소득이라고 주장하나, 2011.9.15. OOO과 지적재산권 사용에 관한 계약을 체결하고 매월 OOO원의 대여료(2012.5.1. 변경계약 후 OOO원)를 받기로 한 것은 계속적·반복적인 대여행위로서 쟁점금액은 「소득세법」제19조 제1항에 따른 사업소득에 해당하며, 같은 법 제19조 제3항에 의한 통계청장 고시의 한국표준산업분류에 특허권 등의 무형재산권을 소유하면서 제3자에게 사용할 수 있는 권한을 부여하고 대여료를 받는 활동은 ‘무형재산권임대업’으로 분류되어 있는 것으로 보아 쟁점금액은 사업소득에 해당한다.
(2) 청구인은 쟁점특허권의 사용에 관한 계약에도 불구하고 실제 수령한 금액을 기준으로 부과하여야 한다고 주장하나 청구인과 OOO 간에 2013.6.14. 작성된 합의서(공증문서)에는 청구인이 모든 채권과 물권을 포기하는 대신 청구인에 대해, 업무상 횡령 등 혐의에 따른 고소 취하와 동시에 이에 따른 손해배상청구권을 포기하는 것으로 합의하여, 당사자 간 법적분쟁을 종결지은 것으로 볼 때, 대여료의 미수령분은 이에 상응하는 채권의 상계에 의해 정산된 것으로 보아야 하며 특허권 대여계약은 유효한 것으로 당초 부과처분은 정당하다.
 
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
① 쟁점특허권의 대여소득이 사업소득에 해당하는지 여부
② 쟁점특허권 사용계약을 변경하여 이 수령한 금액은 과세대상에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부
 
나. 관련 법령
(1) 부가가치세법 제1조【과세대상】
① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.
1. 재화 또는 용역의 공급
③ 제1항에서 "용역"이란 재화 외의 재산 가치가 있는 모든 역무(役務) 및 그 밖의 행위를 말한다.
⑤ 제1항의 재화와 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제2조【납세의무자】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화(제1조에 따른 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 따른 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)
제7조【용역의 공급】
① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
제9조【거래 시기】
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
(2) 소득세법 제19조【사업소득】
① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
12. 부동산업 및 임대업에서 발생하는 소득. 다만, 지역권 등 대통령령으로 정하는 권리를 대여함으로써 발생하는 소득은 제외한다.
18. 협회 및 단체(대통령령으로 정하는 협회 및 단체는 제외한다. 이하 같다), 수리 및 기타 개인서비스업에서 발생하는 소득
20. 제1호부터 제19호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적·반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득
③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
제21조【기타소득】
①기타소득은이자소득·배당소득·사업소득·근로소득·연금소득·퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
7. 광업권·어업권·산업재산권·산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품
(3) 소득세법 시행령 제48조【사업소득의 수입시기】
사업소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다
10의4. 자산을 임대하여 발생하는 소득의 경우에는 다음 각 목에 따른 날
가. 계약 또는 관습에 따라 지급일이 정해진 것 : 그 정해진 날
나. 계약 또는 관습에 따라 지급일이 정해지지 아니한 것 : 그 지급을 받은 날
 
나. 사실관계 및 판단
(1) 청구인은 특허청장으로부터 2008.6.11. OOO로 특허권을 취득한 사실이 나타나며, 2011.9.15. 청구인과 OOO 사이에 작성된 지적재산권 사용에 관한 계약서 내용을 보면 대상은 특허권이고, 존속기간은 2년에 매월 OOO원을 청구인에게 지급하기로 약정되어 있으며, 2012.5.1.자 변경계약내용을 보면 청구인에게 2012년 5월부터 OOO원을 매월 25일에 지급하는 것으로 나타나고, 2013.6.14.자 변경계약내용을 보면 청구인이 소유한 특허권 및 OOO 주식 100,000주를 OOO원에 OOO에게 양도한다는 내용과 현재까지의 법적 분쟁을 본 계약의 체결과 동시에 아무 조건 없이 쌍방이 종료한다는 내용이 기재되어 있다.
(2) 청구인 명의의 OOO계좌에 OOO으로부터 수령한 쟁점금액 의 이체내역을 보면 2012.1.12.부터 2012.4.23.까지 4회에 걸쳐 각 OOO원을 입금받은 것으로 나타난다.
(3) 청구인이 대표이사로 재직하였던 OOO의 2011∼2013사업연도 주식상황변동명세서상 2011사업연도에는 전 대표이사인 청구인과 대표이사인 OOO이 각 100,000주의 지분(50%)을 보유하다, 2012사업연도에는 청구인이 10,000주를 OOO으로부터 양수받았고 다시 2013사업연도에는 청구인이 OOO에게 110,000주 모두를 양도한 사실이 나타난다.
(4) 쟁점금액의 발생원천인 OOO의 법인세 신고 및 관련 회계처리내역을 보면 다음과 같다.
(가) OOO의 2013사업연도 법인세 신고내역을 보면 2013사업연도 표준손익계산서(영업외수익)상 채무면제이익으로 OOO원을 계상하였는데, 구성항목을 보면 미지급액(쟁점금액) OOO, 청구인의 가수금 OOO원이 채무면제이익으로 계상되어 있다.
(나) 2012사업연도 OOO의 지급수수료계정의 적요란에 “특허권 대여료 지급”이란 명목으로 2012.1.1.부터 12.12.31.까지 매월 25일에 OOO원이 각 계상된 사실이 나타난다.
(다) 2013사업연도 OOO의 지급수수료계정을 보면 4월부터 청구인과 OOO 간에 쟁점특허권 대여료 미지급액에 대해 장부에 미기재한 사실이 나타나며, 1월부터 3월까지 3회에 걸쳐 각 OOO원을 지급하고 동 금액의 지급수수료를 미지급금계정에 계상하였고, 2013.6.14. 채무면제이익(채권포기계약) OOO원으로 상계처리한 사실이 나타난다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,
먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인이 2011.9.15. OOO과 지적재산권 사용에 관한 계약을 체결하고 매월 OOO를 받기로 한 것은 무형재산권의 계속적·반복적인 대여행위로서 한국표준산업분류의 무형재산권 임대업에 해당하는 것으로 보이는 점, OOO의 장부에 특허권대여료 OOO원을 미지급계정으로 처리하고 2013.6.14.자 채권포기합의 계약에 따라 채무면제이익으로 상계처리한 사실이 나타나는 점, 청구인이 무형재산권을 소유하면서 대여료를 받기로 하고 장부상 대여료를 미계상한 점 등에 비추어 쟁점금액을 사업소득으로 봄이 타당한 것으로 판단된다.
(6) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인과 OOO 간에 2013.6.14. 작성된 합의서(공증문서)에 당사자 사이의 법적분쟁을 종결하는 대신에 쟁점특허권을 청구인에게 양도하기로 한 사실이 나타나는 점, 청구인의 쟁점특허권대여료 미수령에 따라 확정된 채권이 청구인의 개인적인 채무와 상계된 점 등에 비추어 쟁점특허권 대여료 중 실제 수령액만을 과세대상으로 삼아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
 
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(3) 국고보조금에 대한 소득세 부족징수

•(신고내용) 한국산업안전보건공단으로부터 산업재해예방시설자금을 지급받은 납세자가 국고보조금를 신고 누락

•(추징내용)
① 사업과 관련하여 받은 국고보조금은 사업소득의 총수입금액에 포함하되, 국고보조금으로 사업용 자산을 취득한 경우에는 일시상각충당금 또는 압축기장충당금으로 필요경비 산입가능(소법 32)
② 한국산업안전보건공단으로부터 국고보조금(산업재해 예방시설자금)은 사업소득 총수입금액이므로 소득세 추징

(3) 기부금 부당공제로 소득세 부족징수

•(신고내용) 학교법인 이사장이 학교법인에 토지를 기부하기로 약정만 하고 토지소유권을 이전등록하지 않은 상태에서 종합소득세 신고시 법정기부금으로 공제함

•(추징내용)
① 사업자가 기부금을 미지급금으로 계상한 경우에는 실제로 이를 지출할 때까지 필요경비에 산입하지 아니함(소령 81 ②)
② 기부금은 기부한 과세기간의 기부금으로 공제하므로 미지급기부금은 기부금으로 공제할 수 없으므로 기부금을필요경비불산입하여 소득세 추징

(4). 경락대금배당자료 과오신고

•(신고내용) 법원경락대금 배당자료 000백만원에 대해 납세자는 배당받은 이자는 회사의 유휴자금 대여로 인한 지연손해금이며, 회계처리상 영업 외 수익에 해당하는 사업소득으로 보아 업종의 단순경비율을 적용하여 신고

•(추징내용)
① 국세청에서는 각각 법원 및 한국자산관리공사에서 실시한 경매(공매)에 의해 지급된 배당자료 중 채권자별(개인과 금융기관을 제외한 영리법인)로 배당금이 원금을 초과하는 배당표를 매년 3월에 수집하여 이자소득 과세자료로 활용
② 자금대여시 작성한 합의서 내용을 보면 채무자의 부동산에 근저당권 설정 및 월 1.5%의 연체이자를 지급하기로 합의하는 등 대여금에 대한 이자로 ‘비영업대금의 이익’에 해당함을 확인할 수 있음에도 이에 대한 검토소홀로 종합소득세 부족징수
③ 강제집행으로 법원 및 한국자산관리공사가 채무자의 재산을 경매하여 경락대금을 채권자에게 배당하는 때 배당액에 채권자의 이자소득이 포함되어 있는 경우 해당 이자소득은 원천징수대상에 해당하지 않으므로(소집 127-0-2) 무조건 종합과세 함(소법 14 ③ 6호).

소득세 집행기준 127-0-2 (원천징수대상에서 제외되는 소득)
① 근로소득 및 퇴직소득 중 다음에 해당하는 소득은 원천징수대상소득에서 제외한다. 1. 외국기관 또는 우리나라에 주둔하는 국제연합군(미군은 제외한다)으로부터 받는 근로소득
및 퇴직소득
 2. 국외에 있는 비거주자 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터받는 근로소득 및 퇴직소득. 다만, 비거주자의 국내사업장과 외국법인의 국내사업장의국내원천소득금액을 계산할 때 필요경비 또는 손금으로 계상되는 소득 및 국외에 있는외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외)으로부터 받는 근로소득 중 소득세법 제156조의7에 따라 소득세가 원천징수되는 파견근로자의 소득은 제외한다. ② 기타소득 중 다음에 해당하는 소득은 원천징수대상소득에서 제외한다. 1. 사업자(법인을 포함한다)가 음식숙박용역이나 서비스용역을 공급하고 그 공급가액과
함께 용역을 제공하는 자의 봉사료를 계산서영수증신용카드 매출전표 등에 그 공급가액과 구분하여 적는 경우(봉사료를 자기의 수입금액으로 계상하지 아니한 경우만 해당)
로서 그 구분하여 적은 봉사료금액이 공급가액의 10분의 20을 초과하는 경우의 봉사료
 2. 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 위약금배상금 중 계약금이 위약금/배상금으로대체되는 경우
 3. 뇌물 또는 알선수재 및 배임수재에 의하여 받는 금품
③ 강제집행으로 법원 및 한국자산관리공사가 채무자의 재산을 경매하여 경락대금을 채권자에게 배당하는 때 배당액에 채권자의 이자소득이 포함되어 있는 경우 해당 이자소득은
원천징수대상에 해당하지 않는다

2. 부동산매매업자의 사업소득


(1) 부동산매매업자의 장기보유특별공제액 부당공제

•(신고내용) 부동산매매업자가 종합소득세 신고시 소득금액을 계산하면서 장기보유특별공제액를 공제

•(추징내용)
① 부동산매매업자가 토지 등 매매차익 계산시 「소득세법 시행령」 제128조 제1항 제4호에 따라 토지 등 매매가액에서 공제받은 장기보유특별공제액은 사업소득금액을 계산함에 있어 필요경비에 산입하지 아니함(서면1팀-1422, 2007.10.16.)
② 부동산 매매업자가 토지 등 매매차익 예정신고시 적용하였던 장기보유특별공제액 000백만원을 종합소득세 확정신고시 종합소득금액에서 필요경비로 부당 공제하였음에도 이에 대한 검토소홀로 소득세 부족징수

(2) 부동산매매업자의 예정신고 누락

•(신고내용) 대규모의 주상복합건물(1-8차)을 계속하여 신축/분양하고 예정신고를 하지 않음

•(추징내용)
① 부동산매매업자는 토지 등 건물의 매매차익과 그 세액을 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월이 되는 날까지 관할세무서장에게 신고하여야 함(소법 69). 주거용 건물과 다른 목적의 건물이 각각 매매단위로 매매되는 경우로서 다른 목적의 건물면적이 주거용 건물면적의 10% 이하인 경우에는 그 전체를 주거용 건물로 봄(소령 122)
② 대규모의 주상복합건물(1-8차)을 계속하여 신축ㆍ분양한 사업자로 상가 등 면적이 주거용건물 면적의 100분의10 이상인 경우에는 상가 분양분에 대하여 매매일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 납세지 관할 세무서장에게 매매차익예정신고 및 세액을 납부하여야 함에도 납부여부에 대한 사후관리를 소홀히 하여 종합소득세 부족 징수


3. 기타소득


(1) 외화로 수취한 손해배상금 신고누락으로 소득세 부족징수

•(신고내용) 프랑스 소재 법인을 상대로 독점적 국내 판매계약 위반에 대한 손해배상 소송한 결과 승소하여 외화로 지급받은 손해배상금을 신고하지 않음

•(추징내용)
① 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받는 소득으로서 위약금, 배상금, 부당이득 반환시 지급받는 이자는 기타소득임
② 계약의 위약 또는 해약으로 인하여 받은 위약금과 배상금은 현실적으로 발생한 손해의 보전 또는 원상회복을 초과하는 금액에 대하여 기타소득으로 종합소득세 신고하여야 함에도 외국법인을 상대로 손해배상소송 결과 승소하여 외화로 수취한 손해배상금에 대해 기타소득으로 신고 누락하여 소득세 부족징수

(2) 인정기타소득 종합소득 미합산하여 종합소득세 부족징수

•(신고내용) 300만원이 초과하는 인정기타소득금액을 종합소득에 합산하여 신고하지 아니함

•(추징내용)
① 「소득세법」 제21조 제1항 제1호부터 제20호까지, 제22호 및 제26호에 따른 기타소득(라목 및 마목의 소득은 제외합니다)으로서 같은 조 제2항에 따른 기타소득금액이 300만원 이하이면서 제127조에 따라 원천징수된 소득(해당 소득이 있는 거주자가 종합소득과세표준을 계산할때 이를 합산하려는 경우 제외)은 분리과세
② 법인의 소득처분에 따른 인정기타소득(소법 21 20호)에 대하여 추가신고 납부하지 아니하고 기타소득금액이 300만원을 초과하는 경우 종합소득에 합산 과세하여야 함에도 종합소득 합산과세 등 과세자료를 처리하지 아니하여 종합소득세 부족징수

(3) 인정 기타소득 귀속시기 잘못으로 종합소득세 부족징수

•(신고내용) 인정기타소득을 해당 과세기간의 소득으로 신고

•(추징내용) 인정기타소득의 수입시기는 해당 사업연도의 결산확정일이므로 종합소득세 부족징수 및 과다징수

 (4) 기타소득 필요경비 과다공제로 소득세 부족징수

•(신고내용) 토지매입 알선수수료로 지급받은 기타소득금액에 대한 필요경비로 실제 필요경비를 공제하지 아니하고 총수입금액의 80%을 공제하여 신고함

•(추징내용)
① 「소득세법」 제37조 【기타소득의 필요경비 계산】 제2항에 “다음 각 호의 경우 외에는 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액을 필요경비에 산입합니다.”라고 하고 제1호에 “제1항이 적용되는 경우”를, 제2호에 “광업권의 양도대가로 받는 금품의 필요경비 계산 등 대통령령으로 정하는 경우”로 규정
② 부동산개발 법인으로부터 지급받은 토지매입 알선수수료에 대한 필요경비로 실제 지출된 비용을 공제해야 하므로 의제 필요경비를 부인하고 소득세 추징


4. 소득금액계산특례


(1) 사업용자산 양도내용 검토 소홀로 종합소득세 부족징수

•(신고내용) 공동사업자 일부가 공동사업장으로 사용하고 있는 토지, 건물에 대해 공유자 지분을 양도하고 공유 지분 취득자가 공동사업에 참여하지 않았으나 전체 건물에 대한 감가상각비를 필요경비로 처리함

•(추징내용) 병원 공동사업자인 000외 11인은 공동사업장으로 사용하고 있는 건물 전체에 대한 감가상각비를 필요경비에 반영하였으나 일부 공동사업자가 공유자지분을 양도하고 공유지분 취득자가 공동사업에 참여하지 않은 경우 양도금액 중 건물에 대한 감가상각비 등은 필요경비 불산입해야 함에도 이에 대한 검토를 소홀히 하여 종합소득세 부족징수

【관련 예규】
① 의료업을 경영하는 공동사업장의 구성원 3인 중 1인이 건강상의 이유로 공동사업장을 탈퇴하면서 자기 지분을 나머지 2인에게 양도하여 공동사업장의 구성원이 변경된 경우에 해당 공동사업장의 감가상각자산의 장부가액은 구성원 변경 전의 장부가액을 동일하게 적용하는 것임(서면소득-5844, 2017.3.28.).
② 부동산임대업을 경영하는 공동사업장의 구성원이 지분을 제3자에게 증여하여 구성원 일부가 변경된 경우, 해당 사업장 감가상각자산의 장부가액 및 내용연수는 구성원 변경 전의 장부가액과 내용연수를 동일하게 적용하는 것임(소득세과-487, 2010.4.20.).

(2) 토지 등 무상사용에 대한 부당행위계산 부인 적용누락

•(신고내용) ‘△△종합주방’의 사업자인 남편의 토지 및 건물을 개업일 이후 확인일 현재까지 무상으로 사용하고 있으나 이에 대하여 신고하지 않음

•(추징내용)
① 「소득세법 시행령」 제98조(부당행위계산의 부인) 제2항 제2호는 ‘특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우’ 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우로 보아 부당행위계산의 부인 규정을 적용하도록 규정. 임대료의 시가와 실제받은 임대료의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5%에 상당하는 금액 이상인 경우만 부당행위계산의 부인규정을 적용함
② ‘△△종합주방’의 사업자인 남편의 토지 및 건물을 개업일 이후 확인일 현재까지 무상으로 사용하고 있는 사실을 확인하였으면 토지 등 무상사용에 대해 부당행위 부인규정을 적용하여야 함에도 이에 대한 검토를 소홀히 하여 소득세 부족징수

특수관계있는 토지소유자와 건물소유자가 건물 등을 임대함에 있어 부당행위여부
소득46011-767 생산일자 : 1999.03.02.
 
관련 법령 소득세법 제41조
 
요지
특수관계있는 토지소유자와 건물소유자가 건물 등을 임대함에 있어서 수입한 임대료가 적정하게 배분되지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 있는 것임.
 
회신
위호 관련 질의의 경우, 특수관계있는 토지소유자와 건물소유자가 건물 등을 임대함에 있어서 수입한 임대료가 적정하게 배분되지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 있는 것입니다.
 
상세내용
1. 질의 내용
아래 항의 가.에서 을은 갑에게 토지를 임대한 결과가 되었으며 갑과 을은 소득세법 시행령 제98조 및 국세기본법시행령 제20조 제1호에 의한 특수관계자에 해당되고, 갑은 을에게 임대료를 지급한 사실이 없으므로 소득세법 제41조 및 같은법시행령 제98조의 규정에 의하여 부당행위계산 부인대상에 해당된다고 판단되나 부당행위계산부인 요건 및 적정임대료 계산절차 등에 대하여 설이 분분하여 질의합니다.
[부동산 임대사업의 개황]
가. 1988.06.20. 을이 소유하고 있던 부동산 중 ○○구 ○○동 ○○,○○,○○번지 대지 2,550.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 자녀인 갑에게 증여하고 동 지상의 건물(주유소 등)은 자신의 명의로 임대사업을 계속 영위하였으며
나. 1994.01.15. 갑은 쟁점토지와 연접된 토지 같은동 ○○번지외 지상에 건물을 신축하여 부동산임대사업을 영위하였음.
[문제점 질의요지]
○ 토지소유자 갑이 건물소유자 을에게 토지를 무상으로 임대한데 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 적정임대료를 계산할 때 아래 참고도에서 보는 바와 같이 갑의 회계처리상 수입금액으로 신고한 ③번 임대료상당액에 대한 처리문제와 관련하여 아래와 같은 설이 대립되고 있음.
(갑설)
부당행위계산부인 규정은 당초 납세자의 회계처리형태에 불구하고 적용되는 것이며 갑이 자신의 임대수입에 추가로 신고한 참고도 ③의 금액은 을이 신고할 수입금액을 임의로 이전받아 신고한 회계상의 변칙처리에 불과한 것이므로 부당행위계산부인규정을 적용함에 있어서 이를 고려하지 않고 참고도 ①의 적정임대료전액에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용하여 소득세를 추징하여야 함.
(을설)
아무리 부당행위계산부인규정을 적용한다 하더라도 갑이 신고할 수입금액은 총임대료수입을 초과할 수는 없는 것이므로 참고도 ①에 대한 적정임대료를 계산하여 기 신고한 참고도 ③의 수입금액과의 차액에 대하여만 소득세를 추징하고 참고도 ②에 대한 과소신고분에 대하여는 고려할 필요가 없는것임
(병설)
을설에서와 같이 소득세를 추징하고 을의 과소신고분(참고도 ③상당액)은 별도로 소득세를 추징하여야 할 것임.
위 설 모두가 부적정하다면 아래 참고도와 같은 납세자의 회계처리에 대하여 어떤 방법으로 부당행위계산부인규정을 적용하여야 하는지 여부
 
※무상임대에 대한 참고도


** 임대계약서를 보면 토지와 건물에 대한 구분이 없이 단순히 금액만을 나누어 계약서를 작성하고 있음
 
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련법령
○ 소득세법 제41조【부당행위계산】
① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 부동산임대소득ㆍ사업소득ㆍ일시재산소득ㆍ기타소득 또는 산림소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (95. 12. 29 개정)
② 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (95. 12. 29 신설)
 
○ 소득세법시행령 제98조【부당행위계산의 부인】
① 법 제41조 및 법 제101조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.
 
○ 통칙 41-3【부당행위계산시의 친족의 범위】
영 제98조 제1항 제1호 내지 제3호에 규정한 친족의 범위는 국세기본법시행령 제20조 제1호 내지 제8호에 규정하는 친족의 관계에 있는 자를 말한다.
1. 당해 거주자의 친족
2. 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율등으로 대부하거나 제공한 때. (98. 12. 31 단서삭제)

(3) 부동산임대소득의 이월결손금 부당 통산하여 종합소득세 부족징수

•(신고내용) 부동산임대사업과 기타 사업을 겸영하는 사업자가 부동산임대소득의 결손금을 기타 사업소득과 통산하여 종합소득세 신고

•(추징내용)
① 「소득세법」 제45조 【결손금 및 이월결손금의 공제】 제2항에 “제1항에도 불구하고 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “부동산임대업”이라 합니다)에서 발생한 결손금은 종합소득 과세표준을 계산할 때 공제하지 아니합니다.”라고 하고 제3항 제2호에 “부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산임대업의 소득금액에서 공제합니다.”라고 규정
② 한 개의 사업자등록번호로 부동산임대소득과 사업소득이 함께 있는 사업자가 부동산 임대에서 발생한 감가상각비 등 비용을 휴업 중인 사업소득의 필요경비에 반영하여 사업소득에서 발생한 결손금으로 이자소득 등 다른 종합소득(이자, 배당, 근로)에 통산한 결과 종합소득세 부족징수

5. 세액공제 및 감면


(1) 성실신고확인비용에 대한 세액공제 추징 누락

•(신고내용) 성실신고확인대상 사업자의 종합소득세를 경정하거나, 수정신고서를 검토하면서 과소신고한 사업소득금액이 경정(수정신고로 인한 경우 포함)된 사업소득금액의 10% 이상이나, 아무런 조치를 취하지 않음

•(추징내용)
① 성실신고확인비용에 대한 세액공제를 적용받은 사업자가 해당 과세연도의 사업소득금액을 과소신고한 경우로서 그 과소신고한 사업소득금액이 경정(수정신고로 인한 경우를 포함한다)된 사업소득금액의 10% 이상인 경우에는 제1항에 따라 공제받은 금액에 상당하는 세액을 전액 추징(조특법 126의2 ②).
② 성실신고확인대상 사업자의 종합소득세를 경정하거나, 수정신고서를 검토하면서 과소신고한 사업소득금액이 경정(수정신고로 인한 경우 포함)된 사업소득금액의 10% 이상인 경우 공제받은 세액 전액을 추징하여야 하나 이를 누락하여 소득세 부족 징수

(2) 국외위탁 임가공용역 소득에 대한 창업중소기업특별세액 부당감면

•(신고내용) 석유정제설비관련 가공을 인도(INDIA)의 현지 공장에서 현지외국법인에 전부 위탁임가공하여 수출하는 사업자가 제조업으로 보아 창업중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 신고함

•(추징내용)
① 국세청 예규(서이 46012-11579, 2003.9.1.)에 “원재료를 수탁 가공하는 상대방 업체가 외국기업인 경우에는 수출활동으로 보아 무역업(2000.1.7., 통계청고시 개정 후에는 취급품목별도ㆍ소매업)으로 분류”라고 해석
② △△시 △△동 거주 000는 석유정제설비관련 가공을 인도(INDIA)의 현지 공장에서 현지외국법인에 전부 위탁임가공하여 수출하는 사업자로 도매(무역)업자에 해당되어 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상 소득에 해당하지 아니함에도 이에 대한 검토소홀로 소득세 부족징수

※ 제조업과 유사한 사업으로서 제조업으로 보는 경우(조특칙 제4조의 2)

•자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체(사업장이 국내 또는 「개성공업지구 지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 개성공업지구에 소재하는 업체에 한정합니다)에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각 호의 요건을 충족하는 경우를 말합니다.
(1호) 생산할 제품을 직접 기획(고안ㆍ디자인 및 견본제작 등을 말합니다)할 것
(2호) 해당 제품을 자기명의로 제조할 것
(3호) 해당 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것

조세특례제한법상 제조업의 범위
서이46012-11579 귀속년도 : 2003 생산일자 : 2003.09.01.
 
요지
내국법인이 특정제품을 국외에 소재하는 기업에게 위탁하여 제조하는 경우에는 무역업에 해당하는 것이므로 제조업을 영위하는 것으로 보지 아니하는 것임
 
회신
조세특례제한법시행령 제2조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 국내기업에 위탁하여 제조하는 경우로서 같은법시행규칙(2003. 03.24. 재정경제부령 제306호로 개정된 것) 제2조 제1항 각호의 요건을 충족하는 경우에는 제조업을 영위하는 것으로 보는 것이나,
내국법인이 특정제품을 국외에 소재하는 기업에게 위탁하여 제조하는 경우에는 제조업을 영위하는 것으로 보지 아니하는 것입니다.
 
상세내용
1. 질의내용 요약
당사는 조세특례제한법시행규칙 제2조 각호의 요건을 충족하는 법인으로서 제품을 국내가 아닌 중국의 제조업체에 의뢰하여 제조하는 바, 이 경우 조세특레제한법상 제조업으로 볼 수 있는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
 
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특레제한법시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】
① 조세특례제한법시행령(이하 󰡒󰡓이라 한다) 제2조 제1항 각호외의 부분 본문에서 󰡒재정경제부령이 정하는 사업󰡓이라 함은 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 제조업체에 의뢰하여 제조하는 사업으로서 그 사업이 다음 각호의 요건을 충족하는 경우를 말한다. (2003. 3. 24 신설)
1. 생산할 제품을 직접 기획(고안디자인 및 견본제작 등을 말한다)할 것 (2003. 3. 24 신설)
2. 당해 제품을 자기명의로 제조할 것 (2003. 3. 24 신설)
3. 당해 제품을 인수하여 자기책임하에 직접 판매할 것 (2003. 3. 24 신설)
 
○ 조세특례제한법기본통칙 4-2…4 【제조업의 범위】
영 제2조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 자기가 제품을 직접 제조하지 아니하고 다른 제조업체(국내기업인 경우에 한한다)에 의뢰하여 제조하는 경우로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 제조업을 영위하는 것으로 본다. (2002. 4. 15 개정)
1. 생산할 제품을 직접 기획(고안 및 디자인, 견본제작 등을 포함한다)할 것
2. 그 제품을 자기명의로 제조할 것
3. 그 제품을 인수하여 자기 책임하에 직접 판매할 것

(3) 중고자산 취득으로 투자세액 부당공제

•(신고내용) 선박의 등기부등본 상 1991년 7월에 진수한 중고선박에 대하여 투자세액 공제를 적용하여 신고함

•(추징내용) 선박의 등기부등본 상 1991년 7월에 진수한 중고선박은 투자세액 공제를 받을 수 있는 자산에 해당하지 아니함에도 종합소득세 신고시 투자세액으로 부당공제 하였음에도 이에 대한 검토소홀로 소득세 부족징수

※ 중고품에 대한 투자세액공제 배제
•중소기업투자세액공제 제5조
•연구ㆍ인력개발설비투자세액공제 제11조
•생산성향상시설투자세액공제 제24조
•안전설비투자세액공제 제25조
•에너지절약시설투자세액공제 제25조의2
•환경보전시설 투자세액공제 제25조의3
•의약품 품질관리시설투자세액공제 제25조의4
•신성장기술 사업화를 위한 시설투자 세액공제 제25조의5
•고용창출투자세액공제 제26조

(4) 연구ㆍ인력개발비세액공제 부당공제

•(신고내용) 자체기술개발과 관계없이 거래처의 납품의뢰에 따라 의뢰받은 개발용역에 종사하는 자의 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여 신고함

•(추징내용)
① 자체기술개발과 관계없이 거래처의 납품의뢰에 따라 의뢰받은 개발용역에 종사하는 자의 인건비는 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 아니함(서면인터넷방문상담2팀-523, 2004.3.22.)
② 납세자는 시스템 개발 업체로서 거래처의 설계 용역 의뢰에 따라 의뢰받은 개발용역에 종사하는 자의 인건비를 연구ㆍ인력개발비세액 공제 대상으로 신고하였으나, 세액공제 대상에 해당하지 아니함에도 이에 대한 검토를 소홀히 하여 소득세 부족징수

연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상인지 여부
서면인터넷방문상담2팀-416 귀속년도 : 2006 생산일자 : 2006.02.27.
 
관련 법령
조세특례제한법 제10조 조세특례제한법 제11조 국세기본법 제45조의2 조세특례제한법 시행규칙 제8조
 
요지
연구개발을 통한 시제품이 자체기술개발과 관련하여 발생한 비용이면 세액공제 대상에 해당되고 위탁 및 공동기술개발에 따른 비용도 세액공제 대상임
 
회신
내국법인이 조세특례제한법 제10조 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용함에 있어, 연구개발을 통한 시제품이 조세특례제한법 시행령 [별표6]의 1 가목의 요건에 해당하는 자체기술개발과 관련하여 발생한 비용이면 세액공제 대상이며, 위탁 및 공동기술개발에 따른 비용은 [별표6]의 1 나목의 요건에 해당하는 경우에 세액공제 대상이고, 같은 법 시행규칙 제8조 제1항에 열거한 전담부서에서 사용하는 ‘연구시험용 시설’의 임차 또는 ‘연구시험용 시설’의 이용에 필요한 비용은 세액공제 대상이나 연구시험용 시설에 투자하는 금액은 같은 법 제11조 규정에 의한 연구 및 인력개발을 위한 설비투자 세액공제를 적용 받는 것입니다.
 
상세내용
1. 질의내용 요약
자동차 부품 전문 제조회사로 「해외 및 국내의 시험용역비, 공동 연구개발용역비, 해외연구용역비, 시제품개발비용」이 조세특례제한법 제10조에 규정한 연구 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다. (2003.12.30. 개정)
○ 조세특례제한법 제11조 【연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제】
① 내국인이 2006년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 7에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2003.12.30. 개정)
② 제1항에서 “연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (2002.12.11. 개정)
1. 연구시험용시설로서 대통령령이 정하는 시설 (1998.12.28. 개정)
2. 직업훈련용시설로서 대통령령이 정하는 시설 (1998.12.28. 개정)
3. 대통령령이 정하는 신기술을 기업화하기 위한 사업용자산 (1998.12.28. 개정)
 
가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
○ 조세특례제한법 시행규칙 제8조 【연구시험용시설 등의 범위】
① 영 제10조 제1항에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 전담부서 및 「산업기술연구조합 육성법」에 의한 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구시험용시설로서 다음 각호의 것을 말한다. 다만, 운휴중에 있는 것을 제외한다. (2005. 3.11. 개정)
1. 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기 (1999. 4.26. 개정)
2. 「법인세법 시행규칙」 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산 (2005. 3.11. 개정)
 
나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
【분류/일자】서이46012-10838, 2001.12.28.
내국법인이 기술개발촉진법 시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 기업의 연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있으며
공동으로 기술개발에 참여하여 제작하는 연구개발 시험체의 제작비용을 분담하는 경우 공동연구 비용이 발생한 회계연도에 동 시험체의 성공여부에 관계없이 조세특례제한법 제10조에 의한 연구인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임.
 
【분류/일자】서면2팀-1426, 2005.09.06.
귀 질의와 같이 연구개발을 통한 시제품이 「조세특례제한법」 제10조의 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 대상인지 여부는 계정과목의 분류에 불구하고 같은 법 시행령 [별표6]의 1 가목의 요건에 해당하는 자체기술개발과 관련하여 발생한 비용이면 세액공제 대상인 것이며,
이 경우 법정신고 기한 내에 법인세 신고를 한 후 세액공제를 적용받지 못한 법인은 「국세기본법」 제45조의 2 제1항의 규정에 의하여 경정청구가 가능한 것임.
 
【분류/일자】서면2팀-1611, 2005.10.06.
1. 내국법인이 공동연구개발을 수행함에 따른 비용으로 연구 및 인력개발비 세액공제 대상금액은 조세특례제한법 별표6에서 규정한 구분1. 가목에 규정한 자체기술개발비와 조세특례제한법 시행령 별표6의 구분1. 나목에 규정한 위탁 및 공동기술개발비 중 내국법인이 실질적으로 부담한 금액으로 하는 것이며,
2. 내국법인이 공동연구개발을 수행함에 조세특례제한법 시행규칙 제8조 제1항 각호에 규정한 전담부서에서 사용하는 연구시험용 시설에 투자하는 경우 같은 법 제11조 규정에 따라 연구 및 인력개발을 위한 설비투자 세액공제를 받는 것이며
3. 조세특례제한법 시행령 별표6의 구분1. 기술개발란 비용 나. 위탁 및 공동기술개발 ①의 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서라 함은 그 전담부서 등의 소재지가 국내외의 여부에 관계없이 적용되는 것이고, 전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발 전담부서를 말하는 것임.
4. 질의한 사항과 관련된 유사 예규(서이46012-10838, 2001.12.28.; 서면2팀-425, 2004. 3.11.; 서이46012-10652, 2001.11.30.; 법인46012-509, 2001. 3. 8.)를 참고하기 바람.
 
【별표 6】 (2005. 2.19. 개정)
연구인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제9조 제2항 관련)
1.기술개발
가. 자체기술개발
① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비
② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품부품원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구시험용 시설(제10조 제1항의 규정에 의한 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목 ①에 규정된 기관의 연구실험용 시설의 이용에 필요한 비용
나. 위탁 및 공동기술개발
① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용
㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학
㉯ 국공립 연구기관
㉰ 정부출연 연구기관
㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)
㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서
㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합
㉴ 산업디자인진흥법에 의한 한국디자인진흥원 (2001. 5.24. 개정; 산업디자인진흥법 시행령 부칙)
㉵ 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」에 의한 연구개발업을 영위하는 기업 (2005. 2.19. 신설)
㉶ 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 의한 산학협력단 (2005. 2.19. 신설)
㉷ 한국표준산업분류표상 기술시험검사 및 분석업을 영위하는 기업 (2005. 2.19. 신설)
② 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한한다)에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용
다. 내국인으로부터 특허권을 획득하거나 국내의 연구기관이 개발한 기술을 획득하기 위하여 지출한 금액(삭 제, 2000.12.29.)
라. 당해 기업이 그 종업원에 직무발명 보상금으로 지출한 금액
마. 기술개발촉진법시행령에 의한 기술정보비(기술자문비를 포함한다) 또는 도입기술의 소화개량비로서 재정경제부령이 정하는 것
바. 중소기업이 과학기술분야 정부출연 연구기관 등의 설립운영 및 육성에 관한 법률에 의하여 설립된 한국생산기술 연구원과 산업기술 기반조성에 관한 법률에 의하여 설립된 전문생산기술연구소의 기술지도 또는 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 기술 지도를 받고 지출한 비용 (2004.12. 3. 개정; 과학기술분야 정부출연 연구기관 등의 설립운영 및 육성에 관한 법률 시행령 부칙)
사. 고유상표(공동상표를 포함한다) 및 고유디자인의 개발을 위한 비용
아. 중소기업이 품질경영 및 공산품 안전 관리법에 의한 품질경영체제인증을 획득하기 위하여 지출하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 (2001. 12. 31 개정)
자. 중소기업에 대한 품질경영 및 공산품 안전 관리법에 의한 품질경영체제인증 획득 지도를 위하여 지출한 비용(2001.12.31. 개정)
차. 중소기업에 대한 공업 및 상품디자인 개발 지도를 위하여 지출한 비용
카. 중소기업에 대한 환경친화적 산업구조로의 전환촉진에 관한 법률에 의한 환경경영체제인증 획득 지도를 위하여 지출한 비용
타. 중소기업이 환경친화적 산업구조로의 전환촉진에 관한 법률에 의한 환경경영체제인증을 획득하기 위하여 지출하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것
타. 중소기업이 환경친화적 산업구조로의 전환촉진에 관한 법률에 의한 환경경영체제인증을 획득하기 위하여 지출하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것
파. 중소기업이 부품소재 전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법에 의한 신뢰성인증을 획득하기 위하여 지출하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 (2001.12.31. 신설)
하. 기술이전촉진법 제8조의 규정에 의한 기술평가전문기관에 기술의 평가를 위하여 지출하는 비용 (2000.12.29. 신설)
거. 중소기업이 중소기업기술혁신촉진법에 의한 통합정보화경영체제인증을 획득하기 위하여 지출하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 (2002.12.30. 신설)
 
2. 인력개발
가. 위탁훈련비
① 국내외의 전문연구기관 또는 대학에의 위탁교육훈련비(2004. 6. 5. 개정)
② 근로자직업훈련촉진법에 의한 직업훈련기관에 위탁훈련비 (2001.12.31. 개정)
③ 근로자직업훈련촉진법에 의하여 노동부장관의 승인을 얻어 위탁 훈련하는 경우의 위탁훈련비 (2001.12.31. 개정)
④ 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의한 기술연수를 받기 위하여 중소기업이 지출한 비용
⑤ 기타 자체기술능력 향상을 목적으로 한 국내외 위탁훈련비로서 재정경제부령이 정하는 것
나. 근로자직업훈련촉진법 또는 고용보험법에 의한 사내직업능력개발훈련 실시 및 직업능력개발훈련 관련사업 실시에 소요되는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 (2001.12.31. 개정)
다. 국가기술자격법에 의한 국가기술자격 검정 응시 경비
라. 중소기업에 대한 인력개발 및 기술 지도를 위하여 지출하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것
마. 생산성 향상을 위한 인력개발비로서 재정경제부령이 정하는 비용
바. 재정경제부령이 정하는 사내기술대학(대학원을 포함한다)및 사내대학의 운영에 필요한 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것 (2004. 6. 5. 개정)

(5) 부정과소신고 과세표준 수정신고시 감면세액 부당 증액

•(신고내용) 경정할 것을 미리 알고 과세연도 종합소득세를 수정신고하면서 부정 과소신고 과세표준 증액분에 대하여 중소기업특별세액 감면을 증액하여 수정신고

•(추징내용)
① 「소득세법」 제80조 제2항 또는 「법인세법」 제66조 제2항에 따라 경정(집행기준 128-122-2)에 해당되어 경정하는 경우는 제외)을 하는 경우와 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 제출한 경우에는 「국세기본법」 제47조의3 제2항 제1호에 따른 부당과소신고금액에 대하여는 중소기업특별세액감면 등 일정한 세액감면 등을 적용하지 아니함(조특법 128조 ③).
② 화물운송업자가 부가가치세 신고시 부당하게 세액공제 받은 신용카드수취금액에 대해 부가가치세 경정 후 종합소득세를 경정하면서 부당과소 신고금액에 대하여도 중소기업특별세액감면을 추가 공제하는 등 경정결정 잘못으로 소득세 부족징수

(6) 창업중소기업에 대한 세액감면 부적정

•(신고내용) ××축산(면세)을 폐업하였습니다가 그 다음날자로 ××축산(과세)으로 사업을 다시 개시하고 창업으로 보아 창업중소기업에 대한 감면을 적용함

•(추징내용)
① 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우, “폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우”, 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우는 창업으로 보지 않음(조특법 6 ⑨)
② ××축산(면세)을 창업하여 폐업하였습니다가 그 다음날자로 ××축산(과세)으로 사업을 다시 개시하였으면 창업으로 보지 않음

6. 종합소득세 추계신고


(1) 인적용역 제공 사업자의 추계신고시 초과율 미적용

•(신고내용) 인적용역 제공 사업자의 단순경비율 적용시 수입금액의 4천만원을 초과하나 기본율을 적용하여 신고

•(추징내용)
① 2009년 귀속 기준경비율/단순경비율 Ⅰ. 총칙 5. 업종별 기준경비율 및 단순경비율의 적용례 다목에 “인적용역 제공사업자(94****)의 단순경비율(기본율/초과율) 적용 : 인적용역 제공사업자에 대한 단순경비율은 수입금액이 4천만원까지는 기본율을 적용하고 4천만원을 초과하는 금액에 대하여는 초과율을 적용합니다(단서생략).”라고 규정
② 인적용역 제공 사업자의 단순경비율 적용시 수입금액의 4천만원까지는 기본율을 적용하고, 4천만원을 초과하는 금액에 대하여는 초과율을 적용하도록 되어 있음에도 4천만원을 초과한 자에 대하여 초과율을 적용하지 아니한 신고 내용을 그대로 둠으로써 소득세 부족징수

(2) 신규사업자 단순경비율 적용 배제하여 소득세 추징

•(신고내용) 신규사업자로서 해당 과세기간의 수입금액이 복식부기의무자에 해당하는 사업자가 단순경비율로 신고

•(추징내용)
① 「소득세법 시행령」 제143조(추계결정 및 경정) 제4항 제1호에서는 2011년 과세연도분부터는 신규로 사업을 개시한 사업연도의 수입금액이 복식부기의무자에 해당하는 경우 단순경비율 적용대상에서 제외되는 것으로 규정
② 해당 과세기간의 수입금액이 복식부기의무자에 해당하는 신규사업자이므로 단순경비율 적용 대상에서 제외되므로 동 납세자들이 단순경비율로 신고한 사항은 기준경비율 및 단순경비율 배율을 적용하여야 함에도 단순경비율에 의해 신고한 것을 그대로 두어 소득세 부족징수

• 교직원에게 지급하는 강의료의 소득구분의 경우, 고용관계나 이와 유사한 계약에 의하여 근로를 제공하고 지급받는 대가는 소득세법 제20조의 규정에 의한 근로소득에 해당하고, 고용


| 맺음말

위와 같이 종합소득세  추징사례에 대해서 알아보았습니다.
긴 글 읽어주신 점 진심으로 감사드립니다. – 재무통 taxis

# 위 내용 중 수정 및 보완할 부분이 있으신 경우 이메일이나 댓글로 연락 주시기 바랍니다.

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